在这次的整合中，朱由检取消了秦军和京营番号，两部人马除了留驻塞外和随军西征的军将士卒外，其余的全部归属新的勇卫营旗下。
以孙应元为征虏将军、勇卫营左翼总兵、中军都督府左都督衔，所部共计满编三万人，驻守原勇卫营营地，护卫京师安全。
以周遇吉为灭虏将军、勇卫营右翼总兵、中军都督府左都督衔，所部共计满编三万人马，驻守原京营营地，护卫京师安全。
这次整合后，有鉴于车营在野战中的巨大威力，而留守京师将会无法发挥其重要作用，所以朱由检决定，车营将不再保留在京师，而是分别归属到马祥麟和李重进所部，让这种野战利器有可用武之地。
以黄得功为平贼将军、淮安总兵、前军都督府左都督衔，所部五千人马移驻淮安府。
以秦翼明为灭贼将军、四川总兵、后军都督府左都督衔，所部六千人及白杆兵移驻成都府、重庆府。
秦良玉所率的白杆兵，除却战殁伤残者外，家中父子兄弟从军多者，留一人并入勇卫营，其余的尽皆返蜀。
在整合后，原先各边镇的边军将会被裁汰合兵，精锐分别安插进勇卫营以及其他各部，老弱伤残者回返原籍。
朱由检从内帑中出银，给与被裁汰遣散士卒每人二十两安家银，之后每人每月将会从地方官府领取七钱银子的荣养费，直到去世为止。
至于伤残者，除却原先规定的永业田外，每人每月荣养费翻倍。
这笔支出将由朝廷支付，并且会随着物价的涨幅适当增加。
不管是剿贼还是灭虏，都是为国征战，战殁者骨灰入英烈祠供奉祭祀，伤残者将会有国家养其一生，这都是他们用自己的血肉挣来的。
他们都是这个国家和民族的英雄，不能也不应该被忘记，更不能像一把夜壶一样，用得着的时候拿过来，用完了扔到犄角旮旯。
谁要有意见，那第二天就会被派往东北或西北从军。
不服？
你来试试送命、断腿、瞎眼、丢胳膊是啥滋味！
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