辖区内分置“卫所”。明朝政府还任命当地各族首领掌各卫所，给予印信，仍其习俗，统其所属，以时朝贡。各部贡物有海东青、貂皮、马匹、珍珠、人参、鹿茸、等土特产品，也相当于内地农民交的赋税。
明朝官府在元朝驿站的基础上，恢复了奴儿干通往内地的驿传，密切了奴儿干同明廷的政治联系、经济往来和各族人民之间的友好关系，并促进了当地社会经济的发展，尤其是对明朝统治外东北做出贡献。
“奴儿干都司”是简称，原名为“奴儿干都指挥使司”，位于黑龙江下游恒衮河口汇合口东岸的特林地区，原为蒙元“东征元帅府”。此“都司”是一个以军事为主的地方军政机构，且“都指挥使司”以下设“卫”、“所”。
其辖区东至“鲸海”（日本海），东北包括库页岛，西至斡难河（鄂嫩河），南接图们江，北抵外兴安岭。“奴儿干都司”虽然距离中原有点远的，但明朝官府会经常派遣钦差大臣到辽地“奴儿干地区”例行巡视。
永乐朝时期，“海西女真”籍的太监亦失哈曾先后十次前往视察，并在“奴儿干都司”的山顶上修建了“永宁寺”。由于明朝是朱元璋用武力把蒙古人强行赶走之后才建立的大一统政权，因此，朱元璋与朱棣父子俩数次北伐蒙元，不断打击着蒙古人的势力，以阻止其东山再起威胁朝廷，故在东北采取招抚为主的政策。
而在这个政策的下，北元“辽阳行省平章”刘益见机行事便投降了大明。于是，朱元璋就在此地设置了“辽东卫”。后来，明朝鉴于辽东地域对蒙元而言战略地位很重要，于是没多久便改“辽东卫”为“辽东都指挥使司”，简称“辽东都司”，作为大明王朝管理整个东北地区的最高“卫政机构”，相当于后世的“集团军区”。
在“辽东都司”建立后，东北大部分地方的土着部落都相继归附在大明王朝统治之下，只剩下其北部及黑龙江南部地区仍盘踞着兵多将广的北元“东北王”纳哈出势力，继续凭借着自己手中的人马与明朝对抗。
哈纳出是成吉思汗时“四杰”之一木华黎之后裔，凭借雄厚的军事实力，成为了北元的“丞相”兼“太尉”，也成为了明朝统一东北的最大的障碍。洪武二十年，朱元璋派冯胜为“征虏大将军”，率军20万出征东北。
在明军的不断打击下，纳哈出自知实力不敌，最终率余部向明朝投降。此后，黑龙江下游流域的奴儿干等地的元朝故臣多率部向明朝纳贡归降。西元1402年，“燕王”朱棣通过四年“靖难之役”战胜了其侄子“建文帝”并夺得政权，登基为帝，为“明太宗”又号“明成祖”。朱棣刚登基就派人往谕“奴儿干”，以招抚诸部。
第二年，朱棣在这里设置了“奴儿干”等“卫所”。永乐七年，在当地官员“忽剌修奴”的建议下，朱棣决定设置“奴儿干都司”，统辖各“卫所”。永乐九年（西元1411年），明成祖朱棣正式开设“奴儿干都司”，并将其隶属于明朝中央政府“兵部”管辖，但“奴儿干都司”对东北地区实际占领管辖作用其实仅仅维持了二十余年。
朱棣死后，仁宣两位皇帝采取战略收缩政策，因此放弃“奴儿干都司”是迟早的事。果不其然，在明宣宗时代，便以“朝廷经费不足”为由将“奴儿干都司”内迁了。不过，此战过后，此都司将再次恢复往昔风华。
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