八月初八的刺杀发生之后，宝船立刻靠岸，众人手忙脚乱的将天启皇帝抬下船去，很多宫内侍卫抬来水桶往宝船上冲，御花园的警钟被敲响，有的御前侍卫拿来了御花园常备的水火龙，打开龙头将水柱喷向船身，好在船上没有火药硫磺等危险物品，甲板上的大火也是因为震天雷爆炸所致，烧坏了船帆。整个宝船并没有受到致命的损坏。燃烧引起的浓烟很快被扑灭。
几乎在天启皇帝被抬下去的同一时间，魏忠贤立刻命令在场的锦衣卫和东厂番子还有御前侍卫立刻封锁现场，不许有更多的外围侍卫介入，这件事情的范围只能控制在御花园内，不许外传，特别是船上激战之后剩下的一百多名锦衣卫和御前侍卫，魏忠贤下达了封口令，“你们都给咱家听好喽，今天的事情一概不许外传，如果咱家在这宫内宫外听到一点风声，你们一个也别想活着，都明白了吗？”
“谨遵厂公之命！”一百多名锦衣卫和御前侍卫单膝跪地喊道。
“好，很好！”魏忠贤指着一个侍卫道：“你，起来。”那个御前侍卫战战兢兢的站起身，虽然他比魏忠贤高了一个头，可是他连正眼都不敢瞧魏忠贤一下，魏忠贤拍拍他的肩膀问道：“今天你都看到了什么？”
侍卫结结巴巴答道：“今天，我，我”
魏忠贤朝旁边使了一个眼色，他的贴身护卫走过来一人，一刀捅进了这个侍卫的胸膛，可怜此人虽然武功高强，可是猝不及防加上对魏忠贤的恐惧心理作祟之下毫无还手之力，被东厂的人一刀捅死，发出一声长长的惨叫。魏忠贤又点起一个锦衣卫道：“你呢，你看到了什么？”
锦衣卫满头大汗，浑身颤抖道：“回厂公，小的，小的什么也没看着。”
魏忠贤满意的点点头，指着那个侍卫的尸体，对着跪了一地的人说道：“看见了没有，乱说话的，不会说话的就是这个下场，希望你们自己心里明白。”
一百多人愣是不敢答话，魏忠贤冷哼了一声转身离开了，东厂的人将御前侍卫和锦衣卫的人扒拉到一边开始登船进行清理善后工作。
皇上被送回宫内，立刻有最顶尖的十几名太医进行医治，因为震天雷的爆炸将外壳上涂抹的毒药的分子结构破坏，而且只是一小块铁片擦破了天启的皮肤，所以虽然药力发作可是比起原来这种毒药的毒性，已经是大大减弱，天启虽然昏迷不醒，但是还不至于当场一命呜呼，魏忠贤赶到宫内，太医们正在奇怪皇上怎么会受到这样的伤，而且看脸色和脉象竟然是中毒，有着丰富医治经验的太医院的名医们一看到已经发紫发黑的伤口，立刻明白皇上是被有毒的利器刺破了肌肤，导致中毒昏迷，可是皇宫大内，怎么会发生这样的事情，莫非...他们不敢再往下想，正好魏忠贤赶到宫内，魏忠贤看看太医们的表情就明白了大概，他带着一丝残忍和冷酷直直的盯着太医们，太医们被他盯的毛骨悚然，魏忠贤用阴恻恻的声音说道：“咱家知道你们心里在想什么，你们现在的任务就是治好皇上，如果有半句闲话或者皇上有什么三长两短，咱家只好请各位下去给皇上治病了。”
十几门名太医双膝酸软，扑通扑通跪倒在地，捣蒜般磕头道：“请厂公放心，小的们不敢，小的们不敢。”
太医们忙活一通，因为不知道天启中的是哪一种毒药，只能采用覆盖法医治，将可能的解药逐一尝试，同时用针灸吊住性命，终于其中一味药起了作用，皇上的脉象渐渐平稳，太医院院正荣祖化立刻拿出太医院的镇院之宝，一颗高丽进贡的千年老山参，熬出汤药，掰开皇帝的嘴，慢慢将药水强行喂进皇帝体内，这才将天启的命续上，虽然依旧是昏睡状态，可是暂时是保住了性命，至于能不能转危为安恐怕就要看造化了。
当晚，医治结束之后，荣院正嘱咐留守的太监宫女还有几名太医需要注意的事项之后，自己背起药箱，匆匆赶往太医院研究对策，他刚进门，发现太医院当中站满了穿着棕色曳撒的东厂番子，腰间的绣春刀在月光下散发着逼人的寒光，一个身穿黑色斗篷的瘦小身影站在院中。
荣祖化咽了咽口水，不知是进是退，那个身影转过来，正是魏忠贤，夜色太暗，周围的东厂番子们猛地点燃了手中的火把，火光摇曳，将魏忠贤的脸映衬的愈加阴沉，荣祖化双腿一软就跪下了，“不知厂公到访，有失远迎，下官下官...”他已经是结巴的说不下去了。
“荣院正起来进屋一叙吧。”魏忠贤疲惫的道。荣祖化只能硬着头皮进屋。
在太医院名医联合医治天启皇帝的时候，晚上魏忠贤已经是回到了自己的府邸，他甚至将他最喜爱的顾秉谦送给他的元代龙纹花瓶都打碎在地，他对着他的家将们咆哮道：“是谁！是谁！到底他妈的是谁！谁这么大胆要杀我！给我查给我查，将幕后主使碎尸万段！”魏忠贤仿佛疯了一般，披头散发的在堂间跳脚骂道。等到他的火发完了，被传唤来的锦衣卫指挥使田尔耕才敢上前答话。
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