赵标死于狱中的消息传出来之后，冯端和王辇二人就立马进宫请罪，皇上好生安抚两人，说是相信二人忠心耿耿，依旧处理好自己的份内之事，但是为了避嫌，二人最近不得入内庭觐见。并令王辇协助锦衣卫调查赵标的死因。
王辇明白自己是摆脱不了暗杀赵标的嫌疑，而且冯端也极有可能收受了贿赂，不过冯端是自己的房师，自己无论无何也得帮他摆脱罪名，为今之计，只有求的太上皇的庇护。
果真太上皇知道后要维护冯端和王辇，下了口谕，大意是：赵标出首大学士冯端收受贿赂查无实证，口说无凭，现赵标畏罪自尽，死无对证，实属诬告。冯端之事至此了解，不许再查。
口谕下达之后，程世维便上折子，指出会试舞弊之案，朝廷上下，大江南北，众目交注，如不经过查证便说冯端是清白的，实在不能让人信服，为了朝廷威信，应彻查冯端受贿之事，将舞弊之案的真相公之于众，安抚民心。
太上皇看了折子震怒，要处置程世维，皇上在一边劝道：“父皇三思，会试舞弊之案，民愤极大，如果不能查清楚，民心何所托？”
太上皇怒道：“难道你也听信赵标的一派胡言么？”
“儿臣自然不信，儿臣相信冯阁老是清白的，但现下最重要的是如何使天下人相信冯阁老是清白的。儿臣恳请父皇下旨彻查冯阁老之事还冯阁老一个清白。”皇帝垂首恳请道。
太上皇静默不语，大殿之中唯有太上皇粗重的呼吸声，良久太上皇才道：“朕允了，只是这程世维…..”太上皇停顿一下思索如何处置程世维。
皇上开口道：“如查清冯阁老清白后，再行处置程世维，请父皇看在他是位廉惠大臣，忠心耿直的份上，先行绕过他。”
太上皇这才想起来，是自己看程世维任陕西巡抚时政绩卓越，才提拔为右副督御史的，并称赞他为廉惠之臣。如果自己轻易的处置了这位自己提拔上来的臣子的话…….
太上皇想至此，脸色难看起来也没有多言，下旨让内阁首辅姚秉姚中行彻查冯端之事，令其及时将结果禀告给他。
皇帝才刚离开，沈律便递了密折给太上皇，说刑狱看管之人皆为刑部之人，看管甚严，并无外人出入。又请罪，虽仵作验明系他人杀死伪装自缢，但自己无能查不出是何人所为，随附了狱卒等人的口供。虽然沈律口口声称查不出何人所为，可是摆上的证据却说明只能是刑部里面的人所为，狱卒串通好了口供，才毫无破绽。
太上皇气的将朱笔甩在地上，命王辇暂行解任，听候查办。
姚秉接到圣旨的时候颇觉的棘手，他是太上皇的人，可是也帮助过新皇，希望新皇能看在他识趣的致仕将首辅的位子让给顾经的份上能提携自己的子孙，如果不是舞弊案，他早已经递上折子了。舞弊案一出，他生怕太上皇让他去处理，便称病在家，本以为那几人能查清楚，谁知道闹出了冯端之事，满朝上下也只有他这个首辅才能去审查冯端了。
可是太上皇用自己不过是想维护冯端，但维护了冯端，势必要开罪于新帝，正是左右为难。
一边的孙子姚景行看祖父愁眉苦眼，道：“祖父，太上皇只是让您查冯阁老，至于如何处置，自然是凭圣裁。而且太上皇不是命您把结果直接交予他一人么。”那么冯端是清白还是不清白根本就不重要了，姚秉只需要如是将事情查清且只告知太上皇一人，太上皇如何处置冯端那就是太上皇的事情，即便是太上皇放过了冯端，皇帝也不会怪罪姚秉的，毕竟姚秉是如实禀告。
姚秉听孙子的话才反应过来，他不掺和进舞弊案中，就是看出了里面有皇帝的人，既然敢让赵标出首冯端，而且程世维发难冯端、王辇，就代表了冯端确有收受贿赂之事，自己只需要让太上皇知道并相信冯端受贿即可。
姚秉就放心大胆的去查了，拘拿了赵标的妻儿妾室，冯端的贴身小厮丫头等一干下人。挨个进行审讯，果真得到了冯端收受了赵标的贿赂，而且冯端的通房还供出了其余的许多事情。姚秉不敢在多沾手那口供，连夜请求进宫，奉上口供调查结果。
没过几日，冯端就上折子请求告老还乡了，皇帝不许再三挽留，冯端又连上两封折子，皇帝这才同意他告老还乡。至于王辇，太上皇下了谕旨，说他玩忽职守、监管不力，以革职处分。
太上皇认为赵标是主犯，他已死了，其余人等可从轻处分，可是恒王上折子说左庭芳也接了条子，不过被粗役看到，才慌乱将其烧毁，另重金收买了那粗役。太上皇这下子震怒了，他信任一手提拔的臣子一个接一个在天下人面前打他的脸。
主考孙俊纵容舞弊，流放西北，副主考左庭芳、阅卷官受贿被判斩立决，赵标已死，鞭尸一百，抄没家产，鲍辉等举人贿买考官，骗取功名，分别拟绞或枷责。
喧嚣多时的戌丑舞弊案终于落下了帷幕，因此而落马的朝廷大员就有五位，另有几十人遭到处罚。
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