安为了拯救自己的妹妹寻找能够与父亲抗衡的人，而找到羽才。
几次冲突之后，两人相识，并且成功破解阻止了新“五色”试图杀死陈华，在熙雅地区建立特种人国家的计划。
同年底，羽才因长时间的冰冻留下的并发症重病，安和麟儿为了拯救羽才，与陈华冲突，最终发现了麟儿是陈华为了试验拯救羽才的药物而欺骗羽才的妻子林白雯所生下的遗腹子，两人最终拯救了羽才，并且让羽才作出了断，最终羽才在生杀抉择面前，决定与陈华一刀两断不再做父子。
这个过程中麟儿体内的工程体觉醒，成为一个御者，但头脑中总有一个女孩的声音。
众人选择了没有唤醒因为怀有重病之下的羽才的孩子而濒临死亡的林白雯，希望有一天，能够有足够的科技去拯救她。
梅达瓦，蒂勒两人与布劳恩的正面冲突
在经过了数年的漫长情报收集之后二人终于发现，此时梅契尼科夫正在策划利用超级病毒再一次的清洗人类。
而这个研究的一个重要的研究所却是在梅达瓦的故乡阿雅图。
这个研究所是由布劳恩所领导的一个研究人类精神的大型研究所，是梅契尼科夫许诺给布劳恩的一个礼物，用来报答当初布劳恩在天桁内部所做的事情。
两人来到北非，却发现自己的国家和人民都陷入了水深火热之中，两人在一番观察之后，发现无论如何，现在的统治阶级是无法实现人民的诉求的，于是暗中帮助和默许了兽形进行一场血腥的暴乱，最终把这个地区推入了无政府状态，两人也不知是好是坏，但是这样一来也正好给了他们机会去渗透布劳恩的高塔，这座高塔机关重重，里面还关着着蒂勒的老婆孩子，最后两人经过血战，来到布劳恩的面前，却发现布劳恩并不想制作什么超级病毒，他只是做了一些道德灰色的精神控制研究，而且关着的蒂勒的老婆孩子也是出于保护目的，蒂勒的祖国现在也已经陷入了一片混乱。
这里正是他们教会了工程体，解决问题的血腥的暴力手段。
但是布劳恩最终在研究无数的人心之后，认为人类没有希望，故而最终决定自杀，并告诉蒂勒等人，现在梅契尼科夫正在打理查德女儿的主意。
二人却误以为这个女儿是指的安，两人便来到熙雅，遇到了行尸走肉一般的陈华，陈华告诉他们，最终一切都还有希望，但是现在首先一个是必须把林白雯的冷冻仓送到理查德那里，第二个就是要联系普朗克。
皮埃尔，诺贝尔与范德华一行法拉罗科学家们与梅契尼科夫的暗中交锋
威尔施泰特神秘死亡，普朗克失踪。法拉罗科学界再度陷入一片恐慌，诺贝尔决定叫来当初自己在天桁的老友，皮埃尔与范德华展开调查，再几次遭遇奇怪的工程兽袭击之后，发现这些东西不是之前被感染的兽形，而是一种全新的生命体，一行人便决定向这方面最熟悉的摩尔根求援，且发现摩尔根也被人抓走。
众人在寻找摩尔根的途中，普朗克突然出现，告诉他们在托尔托的天御即将发生大事，但与陈华沟通之后，大家发现，眼前最好的选择是前往泊科夫，拯救摩尔根，让蒂勒和梅达瓦去处理自己的托尔托的情况。
三人在拯救摩尔根的过程中，发现了梅契尼科夫的计划，包括之前神秘死亡的威尔施泰特这段时间遇到的这些怪物，都是梅契尼科夫为了试验工程兽而一手导演的。
但是最终众人还没有能够抓住梅契尼科夫，就被朗道的机关暗算，生死未卜。
安带着羽才麟儿来到托尔托天御总部，试图逼宫理查德，但被告知理查德已经失踪许久，凯瑟琳也早已不再在天御的实验室里参与试验了。
众人通过一系列的理查德的试炼，与各路的御者兽形产生了大量的冲突，麟儿幻听越来越严重，最终陷入昏迷。
终于在一个机密研究所遇到了理查德，但是此时，麟儿的人格已经彻底的迷失，成为了单纯的容器，理查德试图说服所有人，这样是拯救人类的唯一方法，把全世界所有工程体的集体心智通过一个复杂的天线机制，制成一个蜂后，然后将这个蜂后封存在一个人类的体内，这样这个人类就可以通过控制这个蜂后，永久的控制整个世界上所有的工程体，不让他们反过来统治人类。
但是此时麟儿醒了过来，成为了新的蜂后（他之前所听到的幻听就是工程体的集体意识以凯瑟琳的声音向他求救），并轻松击败了理查德，将凯瑟琳解救出来，蜂后的身份，也统一回到了凯瑟琳体内。
凯瑟琳（蜂后）告诉人们，她所诞生的地方，正是那些当初的科学家的意志，她有好的一面，她一直在观察，但是还没有等到蜂后说完，理查德的实验室就发生了外界入侵。
这时梅契尼科夫带着政府的军队和生化兽袭击了实验室，重创理查德，打伤麟儿，理查德临死之际自爆清除了方圆十几公里内所有的工程体，解脱了安与凯瑟琳，
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