然而可怕的是，因为安的暴走，实验室当中被破坏的设备泄露的大量的超级病毒，这些病毒迅速侵蚀了安的身体，她的身体为了抵御这些病毒，进入了一个不断自我再生而又不断重病的循环，这个过程中释放出了海量的变种工程体（DS），污染了整个大气，随着大气圈的流动，感染了海量的人类，也产生了大量的异化兽形，也就是多年之前天桁预测过，但没有公布过的第二，第三阶段兽化。
这些异化兽形非常强大，对环境的适应能力非常强，不仅普通武器没什么用，他们还抗辐射，几颗核弹之后人们很快意识到自己比兽形在核武器之下伤亡更大。
这个阶段，工程体已经完全进入了超进化期，越强烈的刺激，人类越是反抗，蜂后就学会的越多，进化的越快，本来一个新策略可以用好几天，异化兽才会适应，这个阶段，一个新的战术几分钟就会被异化兽学会，并且更优化的利用起来，人类已经进入了最后的阵地。
绝望的大潮侵袭了全人类。
在短短几周之内，人类就几乎灭绝了，现在只有少量的人类还在御者的帮助之下苟活着，虽然也正是这些御者在一直为异化兽的进化提供最后的资讯。
不久，这个世界上所有的御者的能力都被蜂后收回了，蜂后已经不需要更多的进化材料了，蜂群已经完全超越了人类。
而与此同时，安也在被用特制的电磁武器击晕之后，被梅契尼科夫带走，去了CEP的最后一个堡垒。
在同步轨道上的空间站实验室，普罗米修斯。
在一行人前往一个航天中心的路上，普朗克现身告诉羽才，这一切其实已经不再是梅契尼科夫计划的一部分了，他也发现一切已经失控，他试着想从空间站发射轨道武器，试着引导大气里的海量工程体去将地磁极扭偏，从而将地球上所有的兽形跟人类彻底清空，从头开始，说完他便消失了，也被蜂后所抹去。
而现在唯一前往普罗米修斯号的通道也被他摧毁，唯一的方法只能利用空天飞机飞到高层大气，再弹射到近地轨道试图强行登陆空间站。
羽才一行在经历大量的艰难险阻之后，在人类最后的幸存者们的协助之下，以麟儿和梅达瓦的生命为代价，才终于登上了空间站，与梅契尼科夫和朗道展开最后的对决。
羽才告诉梅契尼科夫，现在地球上所有的御者都失去了能力，梅契尼科夫还能保有自己能力的唯一原因，就是蜂后想要他启动苍穹之眼，所以现在哪怕真的启动了地轴偏转，工程体们也不会被清除，被清除的只会是最后的人类。
然而一番血战之后，羽才战死，梅契尼科夫终于重伤而亡，但凯瑟琳发现他只是一个躯壳，意志早已消亡，而此时苍穹之眼也自己启动了，开始引发地轴扭转，这时凯瑟琳感应到了安的位置，将不成人形的安成功救出之后，安告诉凯瑟琳，一切还有救，只要能够联系上蜂后，这所有的一切都可以阻止，于是凯瑟琳开始试着感应蜂后的存在，失败之后，安利用苍穹之眼的天线，增强了凯瑟琳的能力，并且安也握住了凯瑟琳的手，两人共同努力之下，第二次“神与造物”之间的对话开始了。
大量的争执之后，蜂后最终认为这个世界上只要工程体和人类还有区别，二者就会不断的冲突，最终两败俱伤，她能够消灭这个梅契尼科夫，但后面还可能会有下一个，而且工程体本身也是有自己的缺陷的，现在她只有一个个体的意识，世界上所有的工程体会渐渐进入同质化的死胡同。
但是现在并没有直接的答案，于是蜂后同意了妥协，让人类得到一个“新的机会”，这个故事也就由此开始。
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