首恶名单里都是满人和投靠较早的汉人，这些人并不把明廷放在眼里，也不信明廷能拿他们“明正典刑”。那几个被列入汉奸名录的却不能不在乎，因为他们还有很大的关系在南方。人们往往有“眼不见为净”的思想，哪怕对你变节从虏不屑，但也不至于大义凛然割席断交。一旦这种肮脏龌龊被人翻出来曝晒，那么本着趋利避害的心理也会断绝往来，视作陌路。这无疑是断了他们的手足耳目。
朱慈烺罗列首恶名单是根据满清朝堂高官而来，尤其是兵部尚书和步军都统，肯定是正月十三惨案的直接执行人，从法律上来说，这些人肯定都是主犯。至于汉奸名单，则是朱慈烺随手挑的几个，其中冯铨官位最高，孙之獬的名声最臭，跟惨案并不一定有直接关系。
因为文辞运用上的效果，让人误以为这些汉奸也在这起惨案中扮演了一些角色，所以就连在北京的汉官也对他们表示不齿。
投降异族本来还可以说是身不由己，但屠戮汉家百姓就有些太过分了。
为了避免受到牵连，更害怕南边的政敌、仇人玩弄小人行径，将自己归入“汉奸”之列，在京汉官纷纷携带细软潜逃。有些人还带了老婆孩子，有些心狠的甚至连家人都不告诉，孤身一人就往南逃。
很快他们就发现，其实也不用太紧张，逃跑之路还是很轻松的。只要肯给五百两银子，一个被人唤作金老大的青皮便会帮他们混出京城，送往天津。从天津出海，不过十余日就能到江南。
当官的都开始逃跑。那些底层的民众自然更不愿意呆在这么个腥膻的地方。在亲人、家产全都失去之后，逃走就成了理所当然的选择。不过这些平民肯定拿不出五百两银子这样的巨款，只能出城之后夺路南奔，如果有幸躲过清军探马、伏路兵，就能投入明军的保护之中。
而这些幸运儿的数量并不多。更多的人会在路上被清军抓住，当做流民打入各地庄子，成为农奴一样的劳力，过着生不如死的日子。只是这些人能够逃第一次，就会逃第二次。连带着庄田里的农奴们也被感染了，掀起了新一轮的逃难风潮。
对于满洲人而言。包衣阿哈就是私有财产，财产大量逃亡就如同家里遭贼一般。崇祯十八年正月二十，重新回到中枢执政的多尔衮颁布了臭名昭著的《缉捕逃人法》。
依照此法：奴仆一次、二次逃亡，鞭笞后发回原主，三次逃亡处以绞刑；收留逃人的窝主则由处斩。这样轻重颠倒的原因并非多尔衮脑残，而是因为此法的立意就在于“保护财产”。如果逃了就杀，那对奴主而言不是一样损失巨大？
然而这对于逃人而言，等于有了皇帝给的“护身符”。逃亡中若是被人抓到，原本可能死于乱兵刀下，但现在只要高喊“我是逃人”，就可以只挨一顿鞭子，然后回去养伤筹划下一次逃亡。
此法一出。逃亡之人不减反增，明军也开始有意识地接应逃人，就连冬天不出海的渔夫也开始出海，只要能够接到一个逃人送回山东，官府就给一两粮票。
满洲权贵非但不认为这是立法的问题，反而认为是地方官员故意放纵、窝藏逃人。因为现在满洲人不可能出任府县一级官员，所以这种说法只是变相的“汉官可疑论”。在朝堂上的汉官自顾不暇，哪里会为下面的地方官员出头？地方官员对于缉捕逃人这种事原本就很恼火，更是纷纷上疏请求废除此法。
满洲人自然不会理会这些汉官，为了强调自己追回“财产”的决心。反而下旨从重处治：
“有隐匿逃人者，斩！其邻佑及十家长、百家长不行举首，地方官不能觉察者，俱为连坐。”
十家长、百家长类似里甲村老一类，也都是汉人。此法一出。满清府县官员畏逃如畏虎，逃亡的民众进一步扩大，华北甚至出现了整村逃亡的盛况。
于此同时，回到济南的朱慈烺连夜见了吴甡、李遇知、李邦华、孙传庭等人，商定整夜，终于决定在朝堂上推动《特赦令》的颁发。
《特赦令》针对的对象是从贼、事清官员。其中闯逆的特赦范围从李自成以下，尽皆赦免；献贼的特赦范围是张献忠之外，尽数赦免。满清方面则更为复杂，除了首恶和汉奸罪在不赦，其他大小官员，不拘汉满蒙古朝鲜人等，皆可宽赦。
之所以将满蒙朝鲜也列入其中，乃是特赦令中还规定了起义、投诚、投降、就擒四等情形。起义是反戈一击，于明军战局有利者。按照《特赦令》，起义者非但赦免本罪，还能叙功。投诚则是在两军对垒时，带领部下反正，而没有倒戈一击。这种情况也能叙功，当然功劳不会很大。
被逼无奈者为投降，负隅抗抵者为就擒。投降可以赦免死罪，就擒就只能特赦减等了。
特赦令文稿又交给翰林出身的文官润色，晓之以理，动之以情，洋洋洒洒数千言。这回崇祯倒是没有再反对，他也看出朝堂上绝大部分官员都投向了皇太子，无论是从感情上考虑还是现实的皇室和睦考，他都没有反对的理由。
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