却说王寻和王邑的大军还没到昆阳，严尤和陈茂的军队就跟他们会合在一起，声势更大了。
汉军将士站在北门的城门楼子上往远处一望，只见没完没了的全是王莽的军队。他们害怕了，有的甚至准备散伙。刘秀以“合兵尚能取胜、分散势难保全”为由，说服诸将固守昆阳。刘秀接着又说：“诸公若听我言，未必有败无成，今日城中只有八九千人，势难出战，幸亏城坚濠阔尚可相持。但外无救兵内乏粮草，最多也不过坚守旬余。眼下只有派数人至郾城与定陵两县招集守兵，背城一战方可解围。究竟谁守谁出还请诸公自认。”王凤见敌已凭城不敢轻出，乃高声答应道：“我愿居守！”刘秀再问何人敢出，好多时不闻声响，于是毅然直任道：“诸公既然都愿意守城，由秀自往。”言毕又有一将道：“我亦愿往！”刘秀见是李轶，便邀与同行，留王凤、王常居守，自率壮士十人，束装停当待夜乃发，还有将军宗佻见刘秀义勇可嘉，也愿从行。共计十三人，乘着天昏月黑潜开南门，跨马衔枚向南疾走。莽军初临城下，统在城北驻扎，休息一宵，约定诘旦攻城，未尝顾及城南，刘秀等十三骑竟得驰脱。
到了翌晨，王邑纵兵围攻昆阳，严尤向王邑献议道；“昆阳虽小，城郭甚坚，今刘玄盗窃尊号乃在宛城，我军不若乘锐趋宛，彼必骇走，宛城得胜，哪怕昆阳不服哩！”王邑摇头道：“我前为虎牙将军围攻翟义，一时不得生擒便遭诘责，今统兵百万，遇城不拔如何示威？我当先屠此城喋血再进！前歌后舞岂不快哉！”
王邑为了彰显新军的强大，里三层、外三层地将昆阳包围，到处都是军营、军旗。攻城之时漫天箭羽齐射，城中飞箭就像雨水一样，这样艰难的守城过了几天，首领王凤一度看不到希望，想要投降。但新军统帅王邑认为破城指日可待，他还要等着破城之后，壮军威、建功业、拒绝了王凤的投降。投降无果，王凤、王常只能硬着头皮死守，好在昆阳城墙厚，城门又结实，王莽的大军只好把城围住。
刘秀到定陵去调兵的时候，不知道哥哥刘演已经打下了宛城。他把定陵和郾城的军队全部调到昆阳去了。
此时王莽军久战疲惫锐气大减。刘秀于六月一日率领步骑万余人驰援昆阳。刘秀亲率千余精锐为前锋反复猛冲，斩杀王莽军千余人，汉军士气大振。刘秀马上又带着敢死队三千人向王寻、王邑的大营冲过去，集中打击敌人的中坚部分。王寻、王邑一看就这么些人，也不把汉兵放在眼里，便带着一万兵马跟刘秀交战。一万人还真打不过刘秀的敢死队。王寻、王邑的队伍早已乱了，各郡县调来的兵马各守阵营互不相救。汉兵越打越有劲儿。王寻不知死活想显点本领，竟然打着马冲上前来。汉兵知道他是大将，谁也不肯错过机会，立刻围上来乱砍、乱刺，最后结果了他的性命。
王邑见王寻被杀慌忙逃走。城里的王凤、王常见外面赢了，就打开城门，人马一下子都冲出来。两面夹攻喊声震天。王莽的大军见主将被杀都慌了神，乱奔乱逃自相践踏，沿路一百多里都有尸首倒着。这时正是夏天，毒花花的太阳晒得血污冒烟。
汉兵正杀得高兴的时候，敌军队伍里出现了一个怪人，他带着一批猛兽冲过来了。一霎时太阳也没了，黑云像天罗地网似的罩下来。这下子可把汉兵愣住了。那个怪人叫巨毋霸，据说有一丈来高，身子像牛那么粗，三匹马连在一块儿都不能驮他。他坐的马车特别大，四匹马才拉得动。这么笨重的巨人有什么用呢？原来他有一种特别的本领，能训练老虎、豹子、犀牛、大象。王莽拜他为校尉，让他带着几只猛兽和一批扮作猛兽的士兵出来助威。汉兵从来没见过虎豹出来打仗，于是掉头就逃。说也奇怪，半空中突然来了几个霹雳，接着一阵暴雨直倒下来。这时扮作老虎跟豹子的士兵受凉打着哆嗦，他们不但不往前冲，反而倒过头来往后面直窜。巨毋霸也只好往后退。一群猛兽向巨毋霸挤去，巨毋霸立脚不住仰面便倒，就这样掉在滍水之中。四匹马才拉得动的巨人，这时说什么也起不来了。
暴雨如注滍水暴涨，莽军万余人涉水被淹死，滍水为之不流。
大将王邑、严尤、陈茂骑马踩尸过河，把所有粮草和军用物资全扔在滍水这一边，各地征调来的长官带着他们的残兵败将各自逃回。王邑逃回洛阳，跟着他的士兵只剩下几千人。
昆阳大战消灭了王莽的主力，胜利的消息鼓动了天下人民。他们都来响应南阳起义军。有不少人杀了当地的官府自称将军，用汉朝的年号等待命令。
昆阳之战后，刘演和刘秀的威名越来越大，新市和平林的将军们越来越担心。他们暗地里劝刘玄借犒军大会把刘演杀掉。刘玄见刘演佩剑，故意说他的剑奇异欲取观视，刘演性情豪爽不知有诈，当即拔剑出鞘付与刘玄。刘玄接剑在手把玩不释，新市、平林诸将不禁着急，绣衣御史申徒建献上玉玦，刘玄一言不发，未几仍将剑付与刘演，大众皆散。刘演舅舅樊宏私下对刘演说：“我闻鸿门大会，范增尝三举玉玦阴示项羽，今日申屠建复献玉玦，我看他居心叵测。”刘演似信非信微笑无言。其实刘玄向刘演取剑真的是有人教他，待刘演将剑奉上时诬他谋弑，然后把他杀死。偏刘玄迟疑不决不敢照行，申屠建献入玉玦就是叫他速决的意思，刘玄还是不敢。新市、平林诸将不肯就此罢休，又去联络李轶一同设法。
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