建安四年（199年），沮授谏阻与曹操决战，违背袁绍的心意，郭图等进谗说：“沮授监管内外，威权震动三军，如果他逐渐强盛，用什么办法控制他呢？臣下与君主权力一样，国家就灭亡，这是《黄石》书中所忌讳的。再说，统率外面军队的人，不宜参预内政。”袁绍于是将沮授统管的职权分为三个都督，让沮授和郭图、淳于琼每人主管一军，但未来得及实行。
建安五年（200年），淳于琼与颜良、郭图攻白马，遭曹操轻兵掩袭，仓猝逆战，主将颜良被斩，淳于琼军败而走。两军对峙于官渡。
同年十月，袁绍使淳于琼率兵万余，押运粮车，宿营北四十里之乌巢，沮授建议派出蒋奇在其外围，以为巡逻，袁绍没有听从。?
正当官渡之战处于对峙之际，袁绍谋士许攸因家人犯法被捕而投靠曹操，并告诉曹操关于袁军粮草内部的一切秘密。
曹操听后，留下曹洪、荀攸防守大营，亲自率领五千名步骑兵出击。军队一律用袁军的旗号，兵士嘴里衔着小木棍，把马嘴绑上，以防发出声音，夜里从小道出营，每人抱一捆柴草。经过的路上遇到有人盘问，就回答说：“袁公恐怕曹操袭击后方辎重，派兵去加强守备。”听的人信以为真，全都毫无戒备。到达乌巢后，围住袁军辎重，四面放火，袁军营中大乱。正在这时，天已渐亮，淳于琼等看到曹军兵少，就在营外摆开阵势，曹操进军猛击，淳于琼等抵挡不住，退守营寨，于是曹军开始进攻。
袁绍听到曹操袭击淳于琼的消息，派轻兵去援救淳于琼，而派重兵进攻曹军大营。?袁绍增援的骑兵到达乌巢，曹操左右有人说：“敌人的骑兵逐渐靠近，请分兵抵抗。”曹操怒喝道：“敌人到了背后，再来报告！”曹军士兵都拼死作战，于是大破袁军，斩领将眭元进、韩莒子、吕威璜、赵睿等首级，割下淳于琼的鼻，杀士卒千余人，将他们所有鼻割下，连同牛、马的舌头一同送往袁军，袁军将士大惊。此战，曹军还烧掉袁军全部存粮。
淳于琼为曹将乐进所虏获，被带到曹操面前。曹操问淳于琼说：“你今天弄成这样，是什么源故？”淳于琼答：“胜负乃天所控制的，问我干什么？”曹操想要留下淳于琼性命，许攸劝谏说：“以后他照镜子（看到自己的鼻子被割了），不会忘记今天的（耻辱和仇恨）。”听完，曹操同意杀淳于琼。>
金良说道："这人可以用，明天灵帝的任命正式下来以后我们再好好在算计一下。而且这次尽力把新军抓在手里。"
轩辕雪说道："你再看看吧，事情可能没有那么简单。这次新军事关未来大趋所向。"
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