本来，以更始政权和赤眉军的相对实力而言，赤眉军要获取长安，无异于探囊取物，容易之极。但是在这之前，樊崇还必须要册立一个皇帝，同时理清各级职能部门的关系，只有这样，才能约束流民军，让他们不至于到了千古名都长安之后，得意忘形、胡作非为。同时，也能够借此提高赤眉军的凝聚力和战斗力。
在此之前，隗嚣的军师方望，因拥立刘婴而被刘玄派兵剿灭身死。他的弟弟方阳逃往弘农郡，向赤眉军献降。方阳素有才智，被首领樊崇任用为谋士，参赞机务。樊崇亦是一介武夫，对于朝中各处机要及其职能，所知甚少，只能向方阳请教。方阳当然是知无不言、言无不尽。
其实，当今天下诸侯政权的官职部门设置，大多数都是仿效西汉旧制。方阳将这些惯例一一向樊崇解释说明，樊崇深以为善。
针对设立皇帝事宜，方阳亦建议立刘氏宗族子弟为皇帝，名正言顺地讨伐天下群雄。六月中旬，赤眉军行军到了郑县（今陕西华县）境内，樊崇召集诸首领议事，决议向四方访求一名刘氏子孙，将其立为赤眉天子。最终赤眉人马寻到了景王刘章的后裔三人，分别是刘恭、刘茂和刘盆子。这三人的家族家道中落，从小没有必要的教育，正好能够被樊崇这等人所控制。然而，赤眉众首领们却没有料到，竟然一下就寻到了三个合乎标准的人。到底应该册立谁为皇帝，让众人颇为为难。最终，通过抓阄的方式，刘盆子被流民军奉为应命天子。
天子既然册立，刘盆子自然要开始对这些功臣们封侯拜将，其中，樊崇为御史大夫，徐宣为丞相，逄安为左大司马，谢禄为右大司马，将领中自将军杨音以下都封为列卿。当然，实权都掌握在樊崇的手中，这徐宣虽然官居丞相，不过是拜樊崇不识字所赐。
樊崇的心结一解开，攻取长安的计划便开始着手施行了。开始之时，赤眉军还受到李松、赵萌、王匡、陈牧等人的顽强狙击，首次接战不利。但是不久，长安就祸起萧墙，内乱不止。樊崇则在这期间率领赤眉军主力扫荡关中北部各县，大肆掠夺粮食、辎重和财宝。九月，率领赤眉南下的樊崇在高陵大路旁边，意外地遇到了王匡、张卬等更始叛将，他们纷纷跪下，向自己乞降，樊崇自然大喜过望。
不久，流民军数十万大军齐集长安东都门外，不久便破城而入。可惜刘玄早就望风逃遁。樊崇急忙下令，追杀刘玄斩草除根。而此时的长安城内，也已经乱作一团。士兵们到此，在宵小将领的带领下，四处奔驰。不仅老百姓的身家性命得不到保全，就连更始官署都会遭遇大难。连刘秀的养父都差点死于乱军刀下，幸好最终为将领杨音所救。在杨音的秘密帮助之下，刘良率领家眷东逃，赶到洛阳去投奔刘秀。杨音也因为立下此次功勋，在赤眉兵败之后，非但没有受到责罚，反而为之拜将封侯。无独有偶，天下诸侯之中，如杨音这样良心未泯之人，倒是大有人在。其中，刘玄的部下赵熹就是这样一个典型，他千里送京娘，将刘氏一门宗亲子弟的妻子、儿女、母亲等亲人悉数保全，从长安送到南阳，让刘秀大为感激。而赵熹则从此退隐江湖、不问世事。直到二十五年之后，才被刘秀所知晓，刘秀一死，汉明帝刘庄继位，赵熹变成了辅佐他的重臣，成就一代名相的伟业。
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