面对邓禹的大军，刘玄忧心忡忡，担心不久邓禹大军就会攻破自己苦心在东方构筑的防线，突然出现在长安城外。更让刘玄担心的是，皇朝内部也出现了问题，更始三年（公元25年）六月，王匡、张卬在河东被邓禹率领的西征大军打得大败，率领残部仓皇逃回长安。这一下，算是彻底地惊醒了沉醉在温柔乡中的更始政权的诸位头领，有人甚至建议，在长安城中搜集财物，从赤眉军中杀出一条血路，而后回到南阳，以图东山再起。这些话看似没有什么道理，却说到绿林系诸位将领的心坎上去了，刘玄为此担心，也许不久之后，自己的帝位会在皇朝破灭之前就不保。
王匡、张卬等人在向刘玄进言之时，竟然被其大骂了一场，于是，众人决定铤而走险：发动兵变劫持刘玄，胁迫着他一起归还南阳。不过，仅仅靠绿林系的力量还不足以成事。为了确保政变成功，必须还要联络其他的力量。有人提出：御史大夫隗嚣器略深远，可图大事。这隗嚣本是皇帝刘玄的心腹，官居御史大夫，然而，他却为了保全更始政权，向刘玄进言道：“陛下自从进入长安以来，举措乖张，政务失驭，人心不附。臣以为，陛下不如逊位，归政于国老刘良，如此一来，人心可安，赤眉自去。”刘玄闻言，当即大怒，这还是昔日自己倚为股肱的重臣吗？刘玄考虑到眼下军情紧迫，最终没有杀他，担心中已经生出了嫌隙。隗嚣也深有自知之明，此后一直称病不上朝。
很快，王匡就找上了隗嚣，双方一拍即合。当然，这并不代表隗嚣就会甘心随着王匡等人造反，他只是在寻求一个活命的机会，到他们发动变乱之时，趁乱返回自己的老巢天水。可惜，人算不如天算，刘玄似乎对此有所觉察，紧急征调王匡、陈牧等人出镇新丰，以去抵御赤眉军。刘玄的这一举措，彻底打乱了王匡等人的计划。
王匡一走，留下的张卬等人明白，樊崇何等军威，王匡此去，无异于以卵击石，怕是“黄鹤一去不复返”了。为了保全性命和富贵，他们毅然决定，重新拟定计划，同时找寻新的合作伙伴。这时的长安，平氏王申屠建主持朝廷日常事务，韂尉大将军、淮阳王张卬，执金吾、大将军、穰王廖湛，随王胡殷等三人则负责把持长安城中的军务。御史大夫隗嚣则被冷落在一边。可见此时的刘玄，已经极度不信任自己曾倚仗的御史大夫了。只是他没料到，“夫妻本是同林鸟，大难临头各自飞。”昔日一个个宣誓忠于自己的这些大臣们，竟然联合到一起，准备在九月立秋日这天，趁刘玄出席“膢腊社伏”典礼的机会，将其劫持，然后抢劫长安财宝，东归南阳。幸好这个计划被刘玄的一个臣下知道，告知了刘玄，刘玄才得以未雨绸缪、把握先机。最终，刘玄决定要诛除申屠建、张卬、胡殷、廖湛、隗嚣等五人为首的叛乱者，但只可智取，不可力敌。于是，他决意称病，让五人前来探望。隗嚣似乎有所觉察，趁着他们进宫、皇帝放松警惕的机会，准备逃出长安。也正是他，救下了张卬、胡殷、廖湛三人。皇帝刘玄计划等到五人悉数到齐之后，在一举拿下他们，斩草除根。可惜隗嚣一直没到，刘玄便决定等等，然而通过明察暗测，张卬、胡殷、廖湛三人纷纷发现不对劲，于是一个个相继找理由离开。只有一向聪明的申屠建此刻却是犯了糊涂，最终被刘玄抓住，斩首示众。
刘玄立马派人包围御史大夫府，同时搜捕张卬、胡殷、廖湛三人。这三人一路直接回到军营，带兵冲向御史大夫府。此刻邓晔正在猛烈地攻击御史大夫府，突然张卬、胡殷、廖湛带兵前来，两面夹击之下，邓晔顿时大败。隗嚣也趁势带兵西出长安，赶回天水，在那里重新召集旧部，控制了天水郡一带。从此，他自称“西州上将军”，割据一方，不再服从任何人的号令。而张卬、胡殷、廖湛三人，则迅速率领部队包围了皇宫，最终迫使刘玄仓皇逃出长安，奔赴新丰，投奔他的老丈人赵萌。
到达新丰，刘玄急忙命令王匡、陈牧、成丹来见他。陈牧、成丹等人不防刘玄设下陷阱，急忙应命来到刘玄帐下。刘玄二话不说，就命左右将这二人抓住，并问这二人，是否知道自己有罪。陈牧、成丹二人自知大势已去，遂没有多加辩驳，便被推出帐外斩首。王匡因为是主将，暂时幸免于难，但是“皮之不存，毛将焉附”？王匡知道，只要危机一过，皇帝就会对自己痛下杀手，于是，王匡迅速整合本部人马，返回长安。
此时，丞相李松带领的勤王兵赶到，偕同赵萌手下的军队，一起反攻长安。一个月之后，王匡等人败逃，刘玄重新做回更始皇帝，只是经此一役，本来就岌岌可危的更始政权，更加风雨飘摇。就连刘玄曾经发号施令的长乐宫也不能再住，刘玄只能搬到长信宫居住。
更始三年（公元25年）三月，赤眉军在蓩乡地区击败了丞相李松率领的更始军主力，全歼其部三万多人，打破了更始政权在东线的重要防线。从此以后，赤眉军一路高歌猛进，又接连攻陷湖县等更始重镇，作为自己暂时的立足之地。此时，赤眉军已经是拥兵数十万，更对更始政权的中心所在长安虎视眈眈。
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