在海上，尽管有荷舰奇威（Kievit）、纳雪嘉勒（Nachtegaels）、威肯德·布克（Woekende Book）助战，郑军依然败给阮氏的舰队与葡萄牙船舰。
郑梉还计划了另一场攻势，然而在长育垒（Truong Duc）战役中，御林军为阮氏所痛击。刚即位的黎真宗维佑死于此时前后，或许肇因于这场败仗。这也终于为阮氏开启了发动攻势的大门。
经过多年的南北对峙，两个政权都日趋腐败。南方广南阮氏统治的归仁府西山邑，爆发大规模民变，领导这次民变的是阮岳、阮惠和阮侣三兄弟，由于他们在西山邑起兵，故称为西山朝。
各地不满广南阮氏的民众纷纷加入西山三兄弟的起义军中，以至广南阮氏节节败退。当时北方郑氏的领袖郑森见广南大乱，乘机派兵南下，并利用西山阮氏兄弟的部队作先头部队，进攻广南阮氏，而郑军退守顺化，欲取渔人之利。
广南阮氏全面被西山阮氏击溃，阮主被斩杀，其宗亲阮福映流亡暹罗，广南阮氏灭亡。西山阮氏平定南方后，将矛头指向北方的郑氏的统治者，郑氏统治者郑森逝世后，两名儿子郑棕与郑檊争权，结果郑棕取胜，并杀害支持郑檊的大臣。
其中一个支持郑檊的郑氏重臣阮有整南投西山朝，令阮氏兄弟动悉郑氏的虚实，西山大军北伐直捣昇龙，郑氏领袖郑棕兵败无奈投降了白马军，种花家皇帝派出李岩轻松拿下湄南河，西山军惨败后逃亡，最终在柬埔寨被全部击杀。
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