而绝大多数大臣都主张出兵以报答明朝再造之恩，同时消灭努尔哈赤也对朝鲜安全大有裨益，包括光海君最重要的支持者礼曹判书李尔瞻和领议政郑仁弘。
只有黄中允（南人）、赵缵韩（南人）、朴鼎吉（大北）、李伟卿（大北）、朴自兴（小北）、任兖（大北）、尹晖（西人）七人不支持出兵，不久之后他们迫于众议改变立场。
光海君从明朝征兵的环节问题下手，认为李维藩等人只代表辽东当局，不代表皇帝，必须皇帝下旨才能出兵。
他便派使者去北京打探皇帝的旨意，顺便呼吁豁免派兵，最差的情况也是只在鸭绿江畔虚张声势而不越国境，于是以弘文馆校理李埁为赍咨官，将朝鲜的请求报告辽东当局；又以右副承旨朴鼎吉为圣节兼陈奏使，直接入京向明神宗请旨。
此时负责讨伐后金的明朝经略杨镐已经出关，他会见了李埁，让他向朝鲜国内送去自己的咨文，表示已接到皇帝“鼓舞朝鲜”的旨意，要求朝鲜必须出兵一万以助明。
朴鼎吉在途中被杨镐阻止，后来又一路圣节兼陈奏使尹晖来到北京，得到了皇帝要求朝鲜服从杨镐调遣的圣旨。
光海君回避出兵的最后希望也破灭了。
杨镐咨文被送到朝鲜后，光海君就已知道无回旋余地，遂调兵遣将，征发三手军（炮手、射手、杀手）人，加上其他人员共计余人，以晋宁君姜弘立为都元帅，北兵使金景瑞为副元帅，这对朝鲜而言已是相当精锐的阵容。
万历四十七年（1619）二月，朝鲜军队开拨渡江，隶属南路明军刘綎所部，参与围剿努尔哈赤的战争。
三月初，中路左翼的明军在萨尔浒之战中惨败，主将杜松阵亡。随即北路明军也被击败，主将马林单骑逃回开原。
经略杨镐急忙命李如柏、刘綎撤回，但刘綎已经深入后金境内，三月初四在阿布达里冈中伏败死，同日朝鲜军也在深河遭到后金袭击，金应河以下数千人力战阵亡，姜弘立则率5000残兵败将投降后金。后来有1400余人逃回朝鲜。
深河之战的结果应验了光海君的预料，坚定了他推行“中立外交”的想法。此后他在明金两国间施展纵横捭阖的外交技巧，多次拒绝或拖延明朝的再征兵请求，对于后金则尽量不刺激，与之进行国书往来。
自努尔哈赤兴起以后，朝鲜可谓国难当头，光海君与朝臣围绕外交问题发生分歧与争执，他经常不与备边司大臣讨论就直接通过承政院下达旨意，备边司曾抱怨道：“臣等当上国征兵之日，不能出一奇策，唯当奉行睿算之不暇，何敢有一毫搪塞之心哉？”
更重要的是，光海君奉行中立外交，在深河之战后包庇降将姜弘立、一味逃避明朝的再征兵要求，坚持向后金传达国书，引起包括大北派在内的几乎全体朝臣的反对，也导致光海君与其支持者李尔瞻一派关系的微妙变化。
本来李尔瞻等在光海君的纵容下，自七庶之狱以来以“讨逆担当者”自居排斥异己，将与金悌男有联系及反对“废母”之议的人士几乎全部逐出朝廷，使大北派独占政权。
李尔瞻专权自然对光海君的王权构成威胁，甚至在有些情况下到了“王不得自由”的程度；而李尔瞻反对光海君的中立外交，更使他和光海君渐行渐远。
光海君为此起用有外交才能却被罢官的西人李廷龟来执行他的外交政策，李尔瞻一派以他是金悌男同党、反对“废母”为由劝阻。
光海君斥责道：“金悌男给你们恩惠已经很久了，每次你们要陷害某人，都会搬出金悌男，这些话一点也不新奇，我也听腻了，你们还是别说这些了！”
并不点名地批评李尔瞻为“宗社之罪人”。
在此情况下，郑经世、郑晔、洪瑞凤、南以恭、李睟光、李贵等反对派官员被解除禁锢，重新登用。
而朝野中推翻李尔瞻的氛围也越来越浓厚，到天启元年（1621）庆尚道儒生进京，掀起倒李风潮，控诉李尔瞻专擅政权、舞弊科举及废母杀弟等罪行。
尽管光海君没有处置李尔瞻，但也表现出对他的厌恶。
大北派由此开始式微，西人等反对派获得释放并重新起用，为“仁祖反正”创造了条件。
深河之战的全军覆没对于尚未摆脱壬辰倭乱后遗症的朝鲜来说是相当大的打击，其影响波及朝鲜八道，其中以平安道尤甚，各郡县都有数百名战死或被俘于深河的壮丁，田野荒芜，徭役也更加繁重。
朝鲜农民因征兵、饥饿而纷纷破产，落草为寇，在汉城和两湖地区（全罗道、忠清道）尤为严重。
然而就在百姓疲敝之际，光海君并未致力于改善民生，而是大兴土木，营建宫阙，设分户曹和调度使，到各道搜刮民脂民膏。
这些官员很多都出身庶孽或贱民，他们往往“横行列邑，凌蔑守宰”“浚剥黎民，凌辱士族”，使光海君更加丧失人心。
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