崇祯元年（1628年）擢右佥都御史，巡抚福建，海盗郑芝龙由厦门攻铜山，文灿招抚芝龙并任命其为海防游击征讨海贼李魁奇、刘香成功，彻底平定了东南沿海的海盗。
平倭有功为杨嗣昌所荐，文灿提出“五难四不可”，竭尽推托，崇祯仍委以大任。
崇祯十年四月，熊文灿任兵部尚书兼右副都御史，代王家祯总理南畿、河南、山西、陕西、湖广、四川军务。
后杨嗣昌建言“四正六隅、十面张网”之策，增兵饷大半，围剿农民军，“随贼所向，专任剿杀”。
初期此举颇见成效。
文灿督主军务后，明军连打胜仗，农民起义陷入低潮，罗汝才亦在其中。
崇祯十一年五月，文灿仍行前策招抚张献忠、刘国能投降，而张献忠名义上是归顺明朝，实际是向熊文灿催索饷银，屯兵数万于谷城，伺机而动。
崇祯十二年五月，张献忠再起，势如破竹，熊文灿因此次抚局失败而被捕入狱，次年被斩。
尸首运回泸州与其妻杨氏合墓葬于泸县兆雅镇新溪场下沿长江北岸刑家村薄刀岭。
叙永的东城北郊，有一道红土山岭由红崖山延伸而来，呈东西向走，自上而下直插永宁河心。山岭上从头至尾均匀排列有五个小丘，极显端庄稳重。
自明代崇祯十四年以来，人们就叫它挖断山，而原来的山名却已无人知晓了。
以堪舆学的观点来看这条山岭，它实在是世上少有的风水宝地。它头枕巍巍紫霞峰，脚踏泱泱永宁河；正面遥遥相对着九龙山和石虎岭，气势恢宏，形成龙蟠虎踞之势；背面是绵延数十华里的紫霞三十六峰，苍山翠柏，山灵水秀；右边的远处有凤凰山横亘天际，似凤鸣九霄；左边有从东南流来的儒河与西南流来的界首江，合流于启凤寺，清清的河水穿过闾阎仆地的永宁双城，在山脚下懒懒的转一个湾，蜿蜒向北流去；左手边的帽金山和右手边的三家坪山，仿佛椅子上的扶手峙立两侧，而挖断山则像稳坐在太师椅上的尊者，气度雍容。
岭上的五个小丘，树木葱茏，生机勃勃。若在雷雨初霁之时或久阴放晴之际，岭子山云雾缥缈，宛如神山仙境。
据懂风水的行家说，这里是埋葬先人的佳城佛地。
元朝末年，刘福通领导的红巾军起义，把大半个中国人搅的天翻地覆，兵祸连年，江西一带尤为惨烈。
因此有江西的熊姓族人共十八宗支，为躲避战乱，集体流亡四川，分别在泸县、隆昌、荣昌、南充、雅安、嘉定、永宁等处入籍。
到永宁入籍的这支熊姓人家，在安顿下来之后，便在东城买地造房，经营商业，繁衍子孙，日子也过得平平常常。
当他家得知挖断山有块风水宝地之后，便请来高明的阴阳先生，带着罗盘去山上测定几处寿冢的穴位，用高价买下，把它作为世代瘗埋先人的熊氏墓地。几十年过去，原本以经商为第一要务的熊家，居然也开始注重子弟读书习文的教育。他家聘请了地方上最有学问的老师，为熊氏子弟传业授课。在正德至万历的一百年间，熊家先后出了好几个秀才、贡生，因此熊家在地方上也算是书香门第了。万历三十五年，天资慧敏的熊文灿在北京殿试高中进士。
这对于熊家及乡梓都是一桩大喜事。
进士是当官的资格证，是官场第一台阶，有才华有能力有机遇的进士往后可做到封疆大吏的督、抚或内阁的尚书、宰相。
熊文灿中了进士不久，便诏授黄州推官，再后又调任礼部主事、山西左参政、山西按察使、山东右布政使等职。
万历四十二年冬，奉诏出任福建左布政使，他特意绕道回乡，大有衣锦还乡、光宗耀祖之意。
回到叙永，恰逢城中新建的蓬莱桥竣工，应郡守周匡世之请，欣然撰写了《建蓬莱桥碑记》。
崇祯元年熊文灿在福建任上，对地方武装集团实施招抚策略，先后招抚了郑之龙等人（郑成功之父），然后依靠地方武装力量，一举荡平了为患多年的海上巨盗。
其间他还萌生过收复台湾的念头，后因调离福建而未能实现。
海上匪患的灭绝，使沿海百姓安居乐业，受益匪浅。
由于熊文灿在福建任期的政绩卓着，于崇祯五年二月升任兵部侍郎兼右佥都御使，总理两广军务兼广东巡抚。
崇祯十年四月再升兵部尚书，兼右副都御使，同时总理直棣、山西、河南、陕西、湖广、四川等省军务。
负责平定以李自成、张献忠为首的所谓“十三家”农民起义军。
他在对农民起义军的讨伐中，仍采用曾在福建大获成功的招抚策略，崇祯十年十月先后招抚了张献忠、刘国能部，相继又招降了罗汝才、左革里等部，除李自成外的十二家农民起义军全被招降。
崇祯十二年二月，张献忠带头反水，再举义旗，罗汝才等部在各地纷纷响应，一时间朝野震动，崇祯帝闻变大怒，诏削熊文灿官职，责令其戴罪视事。七月张献忠在罗英山大败明军总兵左良玉，崇祯帝即命杨嗣昌救援督战，同时逮熊文灿下狱，次年（1640年）以抚议误国罪斩首于北京西市，卒年六十七岁。
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