作为主管贪污腐败的部门，逐渐成为了贪污腐败最严重的部门。
可怜大元朝的百姓们，以前没有肃政廉访司的时候，他们只是被当地的贪官污吏们盘剥。
可肃政廉访司的人一来，他们不仅没有得到救赎，反而还要被加倍盘剥，因为盘剥他们的官员还要分给肃政廉访司的人一部分。
也就是在如此“反贪”部门的“大力整顿”之下，大元朝犹如一个被抽取了骨髓的巨人，只能在绝望中慢慢等待死亡。
（后来，在明朝建立以后，朱元璋便汲取了肃政廉访司的经验，创立了巡按御史制度。
与肃政廉访司不同的是，巡按御史制度虽然也是在全国范围内划分为了十三道进行巡查贪污腐败问题，但为了防止反贪部门出现贪污的情况，他将巡按御史的级别制定为了正九品（后期改为正七品），可谓是芝麻官中的芝麻官。
而这些巡按御史的选拔也与元朝不同，元朝的肃政廉访司官员，都是从勋贵子弟中挑选，都是一些不懂人间疾苦的纨绔子弟；但明代的巡按御史们则最低都要求是举人以上的高学历人才，不仅如此，还得由皇帝过目，看看此人是不是一个清正廉洁的硬骨头。
可能有些人会想，假设我是巡按御史，我现在官职这么低，一旦我把那些高官们给得罪了，他们日后给我穿小鞋怎么办？
开玩笑，不敢管贪污，你当什么巡按御史？
一旦有这种行为发生，巡按御史的下场比那些贪官还要惨，轻则杖责一百，而后流放至偏远之地；重则抄家灭门，诛灭九族。）
好了，我们回归正题，虽然肃政廉访司日后变成了巨贪的“反贪部门”，但不可否认的是，各道的肃政廉访使，那也都是在皇帝眼中最清正廉洁的人才能担任的，而且基本这些人都属于皇帝的心腹。
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