第三，自行补充侦查应得到重视并融入“监督型”侦查体系。长期以来，检察侦查被业内普遍理解为单一的职务犯罪侦查，根据相关业务专家描述，“检察机关不仅把职务犯罪侦查工作作为检察侦查工作的全部，而且把职务犯罪侦查工作提高到事关检察工作‘一荣俱荣’‘一衰俱衰”的极端重要位置”。这一认知的固化造成了实践中自行补充侦查意识上的薄弱。2018年后，受制自身侦查力量匮乏以及案多人少的现实，检察机关既无能力也无动力启动自行侦查，一般都依照法律规定“一退了之”。作为检察侦查制度的重要组成部分，自行补充侦查的定位属于依附性侦查，其固然可以进一步查清案件事实，补充收集证据材料，并对侦查活动进行监督，但因缺乏主动立案能力最终只能被归为“不完整的侦查权”。然而，在体系化建构“监督型”侦查权背景下，自行补充侦查具备非常特殊的价值，因为其不仅适用节点宽泛，可在批准逮捕、审查起诉和审判阶段多个阶段适用，而且适用面非常之广，几乎涵盖了所有犯罪。所以，检察机关在进行自行补充侦查时实际可以发现大量适用于机动侦查和自行侦查的案件线索。在“监督型”侦查权体系当中，检察自行补充侦查路径可由以下三方面展开：对于纯粹是为审查起诉而补充事实、补强证据的刑事案件，可由办理审查起诉的办案组织或检察官一并侦查；对于因公安机关失职、怠于立案而检察机关一开始就须对刑事案件从头到尾自行补充侦查的，则由专门检察侦查部门补充侦查；对于自行补充侦查过程中发现侦查人员存在的司法职务犯罪情形，交由专门检察侦查部门另行立案侦查。
（二）机构整合：设置独立的侦查部门和重组侦查队伍
内设机构是检察系统内部的功能单元和检察权运行的组织载体。在检察系统内部设置独立的检察侦查机构早有历史，早于1955年前，最高人民检察院就设置了侦查厅，值得一提的是，这一时期除行使侦查权的内设机构外其他各内设机构都以“监督”命名。40年后的1995年，最高人民检察院设立了反贪污贿赂总局，这种由专门的检察内设机构履行侦查职能的历史一直延续至2018年转隶前夕。为应对监察体制改革和司法体制改革带来的叠加影响，2018年12月4日，中央印发了《最高人民检察院职能配置、内设机构和人员编制规定》，最新一轮检察系统内设机构改革拉开帷幕。这次改革被视为最高人民检察院恢复重建以来规模最大、调整最多、影响检察全部职能发挥的一次改革。在原反贪污贿赂部门整体转隶后，“四大检察”的出台彰显着检察机关迫切希望围绕“法律监督机关”的宪法定位重整旗鼓之意图。在刑事检察模块，此轮改革将之前“切段式”部门设置模式重新整合为“捕诉合一”的刑事检察部门，落实了“检察一体化”和“在办案中监督、在监督中办案”等理念。再具体到检察侦查层面，此轮机构改革后自行侦查、机动侦查工作主要由刑事执行检察部门负责，而补充侦查工作则根据案件类型分散在其他的刑事检察部门中，形成了一种“画地为牢”“各自为战”的局面。这种各类检察侦查职权依附于不同内设机构的模式并不利于检察侦查权发挥出最大效能。
作为一种行政性权力，不同于狭义法律监督，侦查权具有主动性、效率性、强制性等特点，这种权力本质上的分野决定了检察侦查活动不适宜依附于其他内设机构。此外，为避免此前对检察职务犯罪侦查“既当运动员，又当裁判员”的声讨，从内部制衡的角度来讲，检察侦查权也不适宜由负责“捕诉一体”的刑事检察部门行使。为了走出当前困境，促进检察侦查权的统一行使以及更好地应对转型后“监督型”侦查权之全新格局，下一阶段的检察内设机构改革须根据侦查权的本质特点和转型后的监督导向，设置组织严密、纪律严格、上下联动的独立侦查机构，建立反应快、效率高的工作机制以及组织通晓侦查知识而自成一体的专业化干警队伍。值得强调的是，虽有学者指出，当前这种以数字排列的内设机构模式,便于各部门职能分工整合,检察机关可以籍此实现重设侦查机构的愿望。但就学理上看，独立设置侦查内设机构的依据在于“职能论”，即由不同的检察内设机构承载侦查、公诉、其他狭义法律监督等具体的检察职能，这种划分标准与此轮改革所确立的“大部制”改革逻辑有所出入。当下这种“一竿子插到底”的办案模式固然有强化司法责任、提高办案效率的优势，但也有着混淆追诉和诉讼监督、矮化监督价值的弊端。倘若按照上述思维模式，让某一机构、一个办案组或一名检察官常态化地在捕诉工作外兼顾侦查工作，不仅会因为案多人少之窘境导致其分身乏术影响侦查质量，而且可能自顾不暇影响到“捕诉一体”的办案效率，更值得担忧的是由此可能引发“自侦中心主义”的死灰复燃。反之，秉持侦、诉职能适当分离的思维，由专业检察侦查机构高效独立地完成相应侦查任务后再移交给相应刑事检察部门，不仅可以正确处理办案数量和质量的关系，最重要的是这也与“捕诉一体”改革提高办案效率的初衷相吻合。
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