在卡洛斯二世之前的200年中，11次婚姻中有9次是近亲关系，包括两对舅舅和外甥女的婚姻，两对第一代堂兄弟姐妹之间的婚姻。
卡洛斯二世的父亲腓力四世是他母亲奥地利的玛丽亚·安娜的舅舅，他的曾祖父腓力二世也是他曾祖母奥地利的安娜的舅舅，他的外祖母西班牙的玛丽亚·安娜同时也是他的姑姑。哈布斯堡王朝的座右铭就是:"让其他人发动战争，而你们，快乐的奥地利人，就去结婚吧!"以此赞美家族成员互相结合的趋势。
西班牙的哈布斯堡王朝于1700年绝嗣而亡，而奥地利的王朝于1740年绝后，随即被分支哈布斯堡-洛林王朝取代，直至1918年帝国被奥地利共和国取代。部分哈布斯堡王族后裔依然生存，分别定居于奥地利、列支敦士登和德国。
1556年，查理五世因为在击溃新教力量的最后努力失败后，查理五世就开始脱离政治生活。因此决定将西班牙王位和奥地利大公分别让与他的两位代理人，并让他们各自的子孙世袭他们自己的王位，不得互传。自此，哈布斯堡王朝正式分为奥地利分支和西班牙分支，查理五世时期一人统领王朝领地的局面也不再出现。
1556年，查理五世将奥地利大公之位让与其弟匈牙利及波希米亚国王斐迪南一世，并立斐迪南为神圣罗马帝位的继承人。但根据查理的遗嘱，斐迪南及其子裔丧失了继承为西班牙国王的权利。此举使斐迪南成为了奥地利哈布斯堡皇朝的首位君主。自此，奥地利哈布斯堡皇朝统治奥地利，匈牙利及波希米亚直至1740年查理六世去世玛丽娅·特蕾莎继承王位，历10代君主，这二百多年亦是欧洲历史上战争最多的时期。之后欧洲两大阵营为了争夺奥地利王位和在奥地利获取利益爆发了奥地利王位继承战争。
1504年卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉一世(Isabella of Castile)病逝。由于她与阿拉贡国王斐迪南二世(Ferdinand II of Aragon)所生的儿子都不幸夭折，在伊莎贝拉身故以后，女王储胡安娜(Joanna the Mad)继承卡斯蒂利亚王国王位。神圣罗马皇帝马克西米利安一世的儿子腓力一世以胡安娜的王夫的身份，和岳父斐迪南一起监国。1516年，斐迪南病逝后，胡安娜和腓力的儿子，勃艮第公爵查理(西班牙语名:卡洛斯;德语名:卡尔，也就是后来的查理五世)继承西班牙(卡斯蒂利亚和阿拉贡)王位，是为卡洛斯一世，其后于1556年将西班牙王位让与其子腓力二世(Philip II)，并废除了腓力及其后裔继承奥地利爵位的权利，正式揭开了西班牙哈布斯堡王朝的序页。
1700年，西班牙国王卡洛斯二世去世，结束了哈布斯堡家族对西班牙历5代的统治。在宫廷权贵的压力下，他把王位传给了他的异母姐姐、腓力四世之女玛丽亚·特蕾莎与法王路易十四的孙子安茹公爵菲利普(也就是后来的腓力五世)，对此强烈不满的哈布斯堡奥地利分支与英国结盟，与法国开战，史称西班牙王位继承战争，最终西班牙波旁王朝将西属尼德兰、那不勒斯王国、撒丁岛、西西里岛以及其他一部分意大利领地归还奥地利，以换取奥地利承认波旁王室的西班牙王位继承权。
1740年10月20日，神圣罗马帝国皇帝查理六世去世。查理和他的兄长都没有男性后裔，因此他的长女玛丽娅·特蕾莎继承了他奥地利大公、波希米亚和匈牙利的王位。而他的女婿洛林公爵弗兰茨于1745年9月13日，当选神圣罗马皇帝弗兰茨一世。
此后，弗兰茨一世皇帝将妻子的姓氏加在自己姓氏的前面，他们的后裔都采用"哈布斯堡-洛林"的姓氏。自此，奥地利进入哈布斯堡-洛林王朝，而弗兰茨皇帝和玛丽娅·特蕾莎皇后成为皇朝的创始人。皇朝历经数次变故，包括1806年，法皇拿破仑一世解散神圣罗马帝国。但当时的哈布斯堡君主，前神圣罗马皇帝弗朗茨二世早于1804年整合各哈布斯堡领地，改称奥地利皇帝弗朗茨，以回应拿破仑称帝。1867年，为了化解普奥战争失利对帝国的冲击，奥地利帝国又改称为奥匈帝国，对奥地利帝国与匈牙利王国实施二元统治。王朝因第一次世界大战失败而1918年被推翻。奥匈帝国随即遭到肢解，奥地利成立共和国，哈布斯堡皇室被迫流亡海外。
以下是哈布斯堡家族的大事年表：
1273年 鲁道夫一世成为神圣罗马帝国皇帝，但没有加冕称帝。
1282年 鲁道夫一世夺取了被波希米亚国王奥托卡二世占有的奥地利与施蒂利希公国，旋即分封于自己的两个儿子阿尔布雷希特与鲁道夫，自此奥地利划归哈布斯堡皇室拥有长达600余年。
1422年阿尔布雷希特支系的阿尔布雷希特五世迎娶了神圣罗马皇帝兼匈牙利及波希米亚国王西吉斯蒙德的庶女卢森堡的伊丽莎白，并被指定为西吉斯蒙德的继承人。
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