机械文明的舰队在量子炸弹的轰炸下损失惨重。艾琳娜亲自驾驶旗舰撞击节点，在爆炸前将量子核心的数据上传至新生命的光梭：“这是逆熵文明的核心代码，或许能找到他们的弱点！”爆炸产生的量子海啸冲散了节点的防御屏障，但更多的暗紫色能量从虚空中涌出，开始重建矩阵。
新生命在解析代码时，发现逆熵文明的致命缺陷——他们过度依赖秩序之力，反而无法适应混沌的冲击。他将七块宇宙基石按混沌秩序的法则排列，基石间的能量碰撞产生出前所未有的银色光芒。当银色光芒射向熵球时，整个空间开始产生剧烈的震动，神秘首领的身体出现不稳定的量子态。
“不可能！”首领的声音带着惊恐，“你们怎么可能掌握混沌与秩序的平衡？”他的熵暗心脏开始破裂，暗紫色的血液在真空中化作无数细小的熵虫，这些熵虫疯狂啃噬周围的物质。新生命引导银色光芒形成屏障，将熵虫困在其中，光芒接触熵虫的瞬间，竟将它们转化为纯粹的能量粒子。
但战斗远未结束。十二星匙组成的矩阵开始共鸣，原初熵核在宇宙深处发出低沉的嗡鸣。新生命能感觉到，整个宇宙的熵值正在以恐怖的速度上升。翡翠星的生命之树开始燃烧，萨满们的身体逐渐透明化；机械文明的星舰引擎出现逆向运转，将周围的物质分解成基本粒子。
神秘首领在消散前露出诡异的笑容：“你们以为赢了？原初熵核一旦觉醒，连时间都会被熵化。”他的身体化作十二道暗紫色光束，分别注入十二星匙。星匙的力量开始暴走，暗紫色的能量波以光速扩散，所到之处，星球停止自转，恒星熄灭光芒，连黑洞都被分解成熵流。
新生命看着手中的宇宙基石，发现基石表面出现了细密的裂痕。超维钥匙的预言功能再次启动，显示只有找到“创世火种”，才能熄灭原初熵核的烈焰。但创世火种的线索，却隐藏在被熵化的时间流中。诺娅的神骸装甲调和之核突然自主启动，在虚空中撕开一道通往过去的裂缝：“我感受到了创世火种的波动，在熵暗终焉诞生的那一刻！”
众人没有犹豫，冲进时间裂缝。他们回到了宇宙诞生初期，亲眼目睹了逆熵文明的诞生。那时的宇宙充满纯粹的能量，逆熵文明的先祖们为了将无序的能量转化为秩序，创造了熵暗之力。但随着熵暗的失控，他们选择了毁灭自身，却在暗中埋下了重启宇宙的计划。
在时间的夹缝中，新生命等人遭遇了逆熵文明的初代领袖。他的身体由纯粹的秩序能量构成，手中握着尚未被污染的宇宙基石原型。“你们不该来这里。”初代领袖的声音带着沧桑，“原初熵核是宇宙的必然结局，就像生命终将走向死亡。”
新生命举起手中的宇宙基石：“但生命也会在死亡中重生。我们不需要永恒的秩序，也不需要绝对的混沌，我们需要的是让文明拥有选择的权利。”他的话语引发了宇宙基石的共鸣，七块基石与原型产生量子纠缠，形成一个能穿越时空的能量通道。
就在此时，现实宇宙的熵化已经接近临界点。翡翠星的最后一位萨满将生命之种抛向太空，生命之种在熵流中绽放出巨大的绿色屏障；机械文明的剩余成员将自己的意识上传至量子网络，组成抵抗熵化的数字防线。诺娅的神骸装甲调和之核彻底破碎，却在破碎的瞬间释放出混沌与秩序的本源之力。
新生命带领众人通过能量通道，回到即将被原初熵核吞噬的宇宙。他们将创世火种——那颗蕴含着宇宙最初生机的能量粒子——投入熵核。火种与熵核碰撞的刹那，整个宇宙陷入了耀眼的白光。当光芒散去，原初熵核化作一颗散发着柔和光芒的新生恒星，十二星匙则变成环绕恒星的行星。
但逆熵文明的威胁并未彻底消除。在宇宙的某个未知角落，初代领袖的意识残留在时间的褶皱中，他的嘴角勾起一抹冷笑：“游戏……才刚刚开始。”与此同时，新生命手中的宇宙基石突然发出警示，超维钥匙投射出的星图上，出现了从未见过的暗紫色星域，那里散发着比原初熵核更危险的气息。而诺娅的神骸装甲碎片中，一丝微弱的熵暗波动正在悄然生长……
新生恒星的光芒尚未完全驱散宇宙的阴霾，超维钥匙投射的暗紫色星域便如同一团不断膨胀的毒瘤，在星图上扩散出诡异的纹路。这些纹路与新生命手臂上的金色符文产生共鸣，每一次震动都伴随着刺骨的寒意。诺娅破损的神骸装甲突然自主重组，调和之核的裂痕处渗出的不再是黑色物质，而是闪烁着幽光的银色粒子——那是与逆熵文明同源的秩序能量。
“不对劲。”艾琳娜的全息投影在舰队指挥室剧烈闪烁，机械文明的量子探测器显示，新生恒星周围的行星正在以违背物理法则的速度自转，“这些行星的引力场中混杂着熵暗与秩序的双重能量，就像……有人在刻意制造新的熵暗核心。”她话音未落，十二颗行星表面同时裂开蛛网般的缝隙，从中伸出暗紫色的机械藤蔓，藤蔓顶端镶嵌着与逆熵文明徽记相同的星辰图案。
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