庄子和儒墨有一点很大的不同，儒家墨家推崇圣人，而庄子则反对推崇圣贤。在《庄子·胠箧》中，他宣扬“绝圣弃知”的思想。庄子反对“人为”，理想的社会是所谓“至德之世”。《庄子·应帝王》的“浑沌之死”就是主张自然，反对人为的寓言。另外，庄子反对儒家的等级观念，儒家说“君君臣臣父父子子”，庄子认为“道通为一”，认为道在万物，万物平等。
庄子认为儒、墨、名、法等各家过多的执着于“是非”“分别”问题，崇其所善，各执一端。因此，他站在“道”的高度，为他的平等观念作了“万物一齐”的预设：他对万物平等关系的认识是建立在“道”的基础上的，“以道观之，物无贵贱”；“彼此是非”的辩证逻辑思维方式得到了“天地一指，万物一马”的结论。“万物齐一”并不代表庄子抹煞事物间的差异，实质上，他不但首肯事物间差异性的存在，而且还维护之，高扬之。
如《齐物论》中有两个寓言：一为“三籁”，说明事物间天然的差异性的永存；二是“正处”“正色”“正味”之辩，说明人为价值标准的时期延续性。庄子重视事物天然的本性，认为天然的本性都合乎性命之常情，因此天然的差异也是合理的，而对个性和差异的尊重，正是庄子平等观念的深刻之处。
庄子的思想包含着朴素辨证法因素。他认为“道”是“先天生地”的，从“道未始封”（即“道”是无界限差别的）。照庄子的逻辑，道是无分别、无界的混沌，因而它不是理性的对象：“夫道，有情有信，无为无形，可传而不可受，可得而不可见；自本自根，素有天地，自古以固存。”一方面，道是真实存在的，所谓“自本自根”，“自古以固存”，所以道是有；另一方面，道又不同于具体之存在，它“无为无形”，因而道又是无。但它不是虚空之无，而是涵盖了万有的无。所以道既派生了万物，又不滞于万物中，表现出超越性与内在性的统一。
由此也决定了人对道的认识既不能是简单的经验认识，也不能是理性的逻辑推理，而必须是物我、主客为一的内在观照，即超验的形上学的观照。庄子曾说：“古之人其知有所至矣，恶乎至？有以为未始有物者，至矣，尽矣，不可以加矣。”这里的至知，就是从知进入到不知的浑池的能观照一切的知识境界。道由于其不可言说性和无限性，对道的体认实际上就是超越理性的直觉认知过程。
庄子在《齐物论》中提出了“万物齐一”的认识原则，主张人应突破自我形躯的局限而对万物加以整体性把握。因此，他对现存的各式知识系统持蔑视态度，认为仅以经验获得的知识含有极大的片面性，并把他们统统归结为“道隐于小成，而言隐于荣华”，表现在现实生活中就是各囿于己见，人人自我执着，一副“喜怒哀乐，虑叹变慹，姚佚启态”纷争纠结之态。
庄子思想中一个重要组成部分，就是相对论认识。庄子的自然原则是和相对主义联系在一起的。庄子认为事物总是相对而又相生的，也就是说任何事物都具有既互相对立，又互相依赖的正反两个方面。庄子还认识到事物的变化总是向它对立的方面转化，宇宙万物尽管千差万别，而说到底又是齐一的，没有区别的。他认为确定认知的标准是困难的，甚至是不可能的，因为任何认知都会受到特定条件的限制，受到时空的制约。
庄子的相对主义一方面是对老子朴素辩证法思想中消极因素的发展，他无限夸大老子的“玄同”思想，从根本上取消的事物的“彼”“此”差别，得出了“齐万物而为一”的相对主义结论；另一方面，在庄子以前或与庄子同时的哲学家，大多有独断论的倾向，庄子的相对主义是作为他们的独断论的对立面而出现的。
庄子的相对主义思想首先表现为否定客观事物物质的区别。其次，在认识论上，庄子片面强调认识的相对性的一面，认为人的感性和理性都不足以信赖，因为他们都是相对的。他看到一切事物都处在“无动而不变，无时而不移”中，却忽视了事物质的稳定性和差别性，认为“天下莫大于秋毫之末”。他认为，天人之间、物我之间、生死之间以至万物，只存在着无条件的同一，即绝对的“齐”；主张齐物我、齐是非、齐生死、齐贵贱，幻想一种“天地与我并生，万物与我为一”的主观精神境界，安时处顺，逍遥自得，而学“道”的最后归宿，也唯有泯除一切差异，从“有待”进入“无待”。在思辩方法上，把相对主义绝对化，转向神秘的诡辩主义。
庄子思想中另一个重要部分是游世思想，尤其在内篇七篇，游世几乎是核心思想。游世思想的内涵相当复杂。庄子一方面是以故意的玩世不恭态度，继承了隐者传统的心情灰暗的主题叙述，就是以轻视现实和躲避矛盾，来保护一种弱意义的生存欲求。可是另一方面，庄子又认为在这样黑暗的存在背景中，隐者传统意义的个人出路是根本不可能的。所以，庄子干脆把一种故意不肯负责任的游戏态度贯彻到底，不仅游戏地对待现实世界，而且游戏地对待个人生死，游戏地对待人生一切可能的期待，传统隐者始终小心翼翼保护着的软弱的个人生存渴望被庄子戏谑地扔进黑暗的游戏世界之中。
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