在为何苗、杨彪二人授了国公之后，便轮到了朝堂之上最为核心的部分，三公九卿的职务调整。
首先是朝中的三公，其中司空杨彪、司徒蔡邕依旧不变，而太尉则改由原九卿之一的大鸿胪黄琬担任。
至于此前汉朝的太尉刘虞，大乾与何进可不会承认。
这也实属正常，大乾在大汉的基础上应运而生，刘虞身为大汉宗室，自然不适合再居于此位。
之所以没撤了其益州牧的职务也只是因为目前而言，仅凭何进一道圣旨还做不到这点，只能暂时不予理会罢了。
接下来九卿的空缺相对要更多，老太常刘弘由于年纪较大，又是之前大汉的数朝老臣，何进许他致仕回家、颐养天年。
接替他成为大乾太常的是原大鸿胪之下治礼郎王允，他曾是何进大将军府的从事郎中，相当于是潜邸之臣，在朝中无论人脉、资历都还不错，正可担任此职，掌管大乾王朝祭祀与礼乐。
除开因年迈等因素被致仕的刘弘外，原大司农荀彧，也在刘辩大宴群臣当夜说出要禅让皇位之后的第二天便上表辞官。
凭借荀彧的智慧自然知道刘辩不会平白无故地将皇位让出，奈何其宁愿用皇甫嵩等人铤而走险之策也不曾来启用自己。
而自知无力阻挡改朝换代的大势，却又无法跨过心中那道坎，继续在何进手下为官，故果断选择辞职返回颍川耕读。
对此何进并未干预阻拦，作为后世来人，他尊重荀彧的选择。
且考虑到其为自己效力多年，何进还在荀彧返回颍川之前，特意差荀攸代为送去了诸多财物作为补偿，却不出意料的被荀彧拒收。
而何进还让荀攸替自己带了句话给荀彧，让其回去安心耕读，用时间来观察改朝换代之后的变化，若哪日其回心转意，何进依旧以朝中高位相待。
据荀攸所言，对于何进赠予的财物，荀彧不屑一顾，但对何进坦诚相待的话语，其倒是沉默了许久，也不知心中执念是否有那么一丝动摇。
总之结果就是，荀彧还是走了，而大司农掌管朝廷钱谷收支，不可谓不重要。
考虑到总管国家后勤是一个极为繁琐且磨人的工作，何进有意选出一名富有智谋且年富力强的“后勤总管”，于是以司空掾荀攸接替其叔荀彧担任大司农一职。
然后需要变动的就是光禄勋，原本是由何进长子何咸在担任，父亲当皇帝，儿子负责宫殿警卫，看似不错，可考虑到皇家所谓的亲情，却又难免让人有些不放心。
加上何进年事已高，若国无储君则容易造成隐患，何进有意立何咸为太子，所以后者若再继续担任此职就显得不太合适了。
倒不如让贤出来，还能提供一个极好的编制让何进可以用来拉拢心腹。
何进本有心任命赵云为光禄勋，负责宫殿警卫与自己的安全，可想到天下未平，若将来自己御驾亲征，赵云身为亲卫大将自然是要随行。
难道彼时两军阵前，敌将大喝一声“某乃谁谁谁麾下校尉某某某！” ，赵云回道“某乃大乾光禄勋赵云？”，那多跌份？犯不上犯不上，画面太美何进不敢想。
于是乎，何进授贾诩为光禄勋，后者亦是魏王府的老人，成分上自然是没问题的。
加上贾诩多智且谨慎，在何进看来，宫殿守卫并不算多么复杂之事，却又不能有丝毫纰漏，他相信谨慎之人必定能胜任此职。
另外还有很重要的一点就是，贾诩为人太过谨慎且明哲保身，让他担任光禄勋也是给其加加担子，省的他向从前一般整日在魏王府中划水躺平。
至于皇甫嵩、朱儁伏法后空出来的太仆与少府，何进则分别交由程昱与辛毗来担任。
此前他二人一个是司空长吏一个是司徒掾属，得到了足够的历练，加上又都是跟随何进的嫡系老人，正好可以顶上此空缺。
而诸葛瑾文武双全、仪容不凡，则被何进授以大鸿胪之职，顶替高升的黄琬负责大乾王朝的外交与民族事务。
卫尉依旧是何进的嫡系赵融担任，宗正却让何进有些犯难。
此职位本该由宗室担任，然何苗已是大司马，位同上三公，身份尊贵无比，若使其担任九卿等于是降了职，显然有些不妥。
于是何进只能将宗正之位暂时空出，准备等之后在南阳老家物色一名族中长辈前来担任，至于大乾的皇族宗室事务，何进则以陈琳为宗正丞，暂为打理。
最后便是主掌司法、刑狱的廷尉，何进原本想以郭嘉担任，可最后考虑到锦衣卫应当只对皇帝一人负责，需独立于九卿之外，于是只得作罢，换为原司徒府长吏陈群来担任。
陈群有治世之才，又精通律法，历史上其曾担任过曹魏的御史中丞，负责监察百官，且还是魏律的主要创始人，用他来担任廷尉可谓人尽其才。
随后何进才正式将锦衣卫搬上舞台，授郭嘉为大乾第一任锦衣卫指挥使，位同于九卿。
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