乾隆四十一年（1778年），于敏中因为在平定大小金川之乱中的贡献而受到嘉奖。乾隆帝特赐他双眼花翎，准许他穿黄马褂，并将他的画像悬挂于紫光阁，以此表彰他的功绩。这一系列荣誉显示了乾隆帝对于敏中的高度认可。
然而，到了乾隆四十四年（1779年），于敏中的健康状况开始恶化，出现严重的呼吸困难症状，长期卧床不起。乾隆帝对此非常关心，派遣御医前往诊治，并命令内务大臣和珅陪伴自己亲自前往探视。乾隆帝还赠送给于敏中两支人参，并赐予他一首七言律诗，以示关怀。
同年十二月初八（1780年1月14日），于敏中因病去世，享年66岁。关于于敏中的死因，《清史稿》中有一种说法，怀疑他是饮鸩自尽，但这只是猜测，并无确凿证据。乾隆帝对于敏中的去世表示深切哀悼，下诏给予优厚的抚恤，并允许他入祀贤良祠，追赠谥号“文襄”。最终，于敏中被安葬在他的故乡金坛涑渎周庄村。
六、死后毁誉
乾隆四十五年（1780年）六月，于敏中的孙子于德裕向官府控告其堂叔于时和侵吞了于敏中在京的资产，并且在本年三月将这些资产转移回了金坛。乾隆帝对此事非常重视，命大学士阿桂、英廉查办此事。由于于时和已经返回原籍，乾隆帝传谕江苏巡抚吴坛立即前往金坛，查明于时和所侵占的财产情况。
查办的结果令人震惊：素有廉洁之名的于敏中，其在京师及原籍的家产竟高达白银二百万两。乾隆帝对此非常恼怒，认为于敏中的巨额遗产并非正当所得。尽管如此，乾隆帝仍然希望保全于敏中的名节，指示办案大臣不必追究于敏中生前的罪责。
案件经吴坛审理后，确认了于时和侵占家产的事实。最终，于时和被发配到伊犁充当苦役，而他带回家乡的于敏中遗产，酌情分配给了于德裕三万余两，其余部分全部充公，用于金坛地方的河道开浚工程。此外，苏松粮道章攀桂私下为于敏中修建花园的事情也被揭露，乾隆帝认为这是地方官员逢迎的结果，鉴于于敏中已去世，便未追究其责任，仅将章攀桂革职处理。
乾隆四十六年（1781年），浙江巡抚王亶望、陕甘总督勒尔谨及甘肃全省官员在捐监折收中捏报灾情冒领赈款的贪污大案被揭发。经过一年多的调查核实，共有56人被判处死刑，另有46人被免死发配边疆。涉案贪污金额高达二百八十一万一千三百五十余两，所有涉案的甘肃官员无一漏网。
王亶望贪污案处理结束后，乾隆帝意识到，真正酿成这一巨大贪污案的元凶并不是王亶望，而是不久前去世的于敏中。乾隆四十七年（1782年）十月，在处决了最后一批甘肃贪官后，乾隆帝发布了一道长篇谕旨。谕旨开头便指出，当年甘肃奏请恢复捐监时，“大学士于敏中管理户部，即行议准”，并且以节省部拨之烦为由，劝说乾隆帝同意了这一提议。乾隆帝也承认自己在这件事情上的失误。谕旨接着提到，当时王亶望为甘肃布政使，因有于敏中的庇护，得以放手贪污。最后，乾隆帝表示，由于于敏中“宣年力久，且已身故”，“朕不忍追治其罪”。
直到乾隆五十一年（1786年）二月初八日，乾隆帝在观赏一件明朝嘉靖年间的古瓷时，联想到嘉靖皇帝的昏庸和权奸严嵩的专横，进而想到了于敏中。乾隆帝认为于敏中利用皇帝的恩宠，招权纳贿，并推测“于敏中拥有厚赀，亦必系王亶望等贿求赂谢”。因此，乾隆帝下令将于敏中的牌位从贤良祠中撤出，以示警戒。
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