此外，主要寺院还拥有对僧众和属民的司法权。
如此，仅数十年，原本戒律严明的黄教和甘丹颇章根基受到严重侵蚀，有的现象真可说触目惊心。乾隆年间，为克服藏中寺庙种种弊端，加强管理，出台了两部章程，在《钦定章程》（二十九条）之第十八条中，明确指出：“近查各大寺之活佛，拥有很多庄园，并因享有群众信仰，所献贡物者很多，再加经商谋利，贪财好货，甚不称职。”
物质财富的诱惑，政教合一的体制，使本来神圣的僧职、名号，变成逐利的手段，有的活佛及重要僧职，互为姻亲或同出一族，故在《钦定章程》第一条中又明示，“大皇帝为了黄教的兴隆，和不使护法弄假作弊”，“特赐一金瓶”，规定达赖、班禅、章嘉、哲布和雍和宫大喇嘛等黄教高层大活佛的灵童，必须经由金瓶掣签法来确认。对其他大活佛转世的确认也规定了严格办法。
但争夺没有停息，甚至以极端形式蔓延到布达拉宫。
九世达赖十一岁于宫中暴亡。
十世达赖二十二岁于宫中暴亡。
十一世达赖十八岁于宫中暴亡。
十二世达赖二十岁于宫中暴亡。
厚厚的宫墙，不知遮掩了多少内幕。随之而来的吏治腐败、法度松弛，加剧了社会的不公。
乾隆对藏事多有研究，在《酌定西藏善后章程》（十三条）中，道出问题根源：“查旧例，全藏人民均属达赖喇嘛所属，按地方之大小，人户之多寡，各有一定差徭，以供黄教佛事，并备众僧熬茶之用。”然近时以来，“旧例废驰”，“不但任意私为占有，又复施恩于私人，滥行赏赉者甚多。”尤其对乌拉差役，私出牌票，种种加派，“以致百姓差徭加倍，苦累不堪，因此而致流离失所者甚多”。
根绝弊端的办法，章程中指出“藏属人民，应禁止私占”，明显是想恢复五世达赖时的状况，但也只是说说而已，做不到了。
多尔济的第三项措施，是设法让曾巴得到五世班禅的认可。
他带着重礼前往扎什伦布，向五世班禅献上大片肥沃的农田牧场，然后告知：“五世达赖转世真身已找到，请求师父前往拉萨授戒。”五世班禅默思良久，才说：“老僧可以前往拉萨，但老僧授戒，须保证两件事：一、老僧须察看真身是否果真聪慧灵异，二、汗王须请出甘丹寺池巴主持法会仪式。”又说，“汗王，真身与否，关键在三大寺的态度，甘丹池巴乃大师化身，若能出面，方可服人心。”
1707年，康熙四十六年，甫过新年，五世班禅启程，抵拉萨时，受到汗王府、第巴府、三大寺代表隆重欢迎。随即住进布达拉，通过一个月的接触，对曾巴这位勤奋好学、朴实厚道的年轻人，留下良好印象。得知曾巴曾在药王山学医并执教，交谈之下，脱口赞道：“真乃好门巴。”后来有人据此称之为门巴喇嘛，也有人推测，这其实是班禅佛爷暗示曾巴并非达赖真身。种种说法，不一而足。
二月二十五日，曾巴在宫中色喜彭措大经堂，向五世班禅磕头，正式行了拜师礼。三月初八，在大昭寺释迦牟尼像前，由甘丹池巴恰巴活佛主持，班禅为曾巴剃发，授沙弥戒，取法名伊喜嘉措，承认了他的达赖喇嘛身份。
但如果新达赖还是进不了哲蚌和色拉的大门，其合法性将受质疑。经多方疏通，总算达成协议：由班禅佛爷分别为二寺部分僧众授戒，届时，伊喜嘉措可随同前来，但只称其为“阁下”。多尔济闻之，也只得睁一眼闭一眼，含糊了事。四月十七日，二寺举行了授戒法会。五世班禅为了表示谢意，共用数十万斤青稞到三大寺熬茶、放布施。
五世班禅直至七月中旬才离开拉萨，期间向曾巴传授了多部显密经典。
拉昌汗为报答，再向扎寺赠送多处庄园。
然而，还未等多尔济喘口气歇歇，安多方面又传来消息：以罗卜藏丹津为首，各位王公联名向朝廷上书，状告多尔济所立达赖并非真身，欺瞒皇帝云云。此刻的康熙和多尔济这两位始作俑者，为这真真假假大伤脑筋。尤其是王公们在奏折中流露出要“护教除奸”之意，令皇帝顿感紧张，于是立派大学士拉都浑赴藏“看验”。
多尔济向钦使说明，转世灵童经五世班禅确认，“实系达赖喇嘛，我始为之安置禅榻，非敢专擅”。拉都浑回京禀报了“看验”始末，议政大臣认为“拉昌所立达赖喇嘛，既问之班禅呼图克图，确知真实，应无庸议。”又建议，“青海众台吉等与拉昌不睦，西藏事务不便令拉昌独理，应遣官一员前往西藏协同拉昌办理事务。”康熙准奏，派侍郎赫寿前往。为避免矛盾激化，对达赖封号，“再阅数年，始议给封。”此为有清一代，特简大臣驻藏办事之始。
三年之后，即1710年，康熙四十九年，根据拉昌汗与赫寿请求，朝廷为伊喜嘉措颁赐印册，正式封为六世达赖喇嘛。
从表面上看，新达赖完成了确认和册封的程序，似乎可以告一段落，其实暗潮汹涌，局势仍然不稳定。1713年，康熙五十二年，皇帝下谕：“班禅呼图克图，为人安静，熟谙经典，勤修贡职，初终不倦，甚属可嘉。着照封达赖喇嘛之例，给以印册，封为班禅额尔德尼。”从此，班禅这一名号被朝廷认可，其后转世均由中央政府正式册封。清政府于此时抬高班禅的地位，显然是希望他协助拉昌汗稳定局势。
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