柯南与小兰在路上偶遇赤井秀一，小兰的反应使柯南得知小兰曾见过赤井。[60]
灰原哀患感冒，送医途中遇到茱蒂，而赤井也跟踪而来。案件解决后，博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。
阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲宫野艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。博士带柯南和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，柯南在破案的同时，也找到了由明美设法藏在设计所的、艾莲娜留给哀的录音带。录音带里基本是艾莲娜留给哀的叮嘱，于是柯南还没怎么听就交给了哀。但哀却从中听到了某件惊人的事。[61]
贝尔摩得利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；由于贝尔摩得长期假扮新出医生，茱蒂了解到了这个计划，为防止哀被骗走杀害，试图抢先一步接走哀并将贝尔摩得引入陷阱，但贝尔摩得将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成工藤新一赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里，并在最后关头救了哀。[61]
贝尔摩得逃脱了赤井的追捕，并对柯南承诺不再追杀雪莉，之后向阻止其他人隐瞒了柯南和哀的事。而茱蒂也设法瞒过了兰，同时柯南听到了贝尔摩得给组织Boss“那位先生”发邮件时的按键音。自此之后，柯南得知茱蒂老师和赤井一行的FBI（美国联邦调查局）身份，与FBI建立了合作关系。
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