第二年春，倭寇又从如皋、海门上来，抢掠南通、扬州、高邮、宝应、淮安等地。五月，另一路倭寇由天长、盱眙、抢掠泗州、淮安。
这几年中倭警不断，偏偏又不断闹着水灾，淮安百姓极端困苦。淮安当时还驻扎着淮安、大河两个卫，淮安卫七个千户所，大河卫五个，按编制兵力应有一万三千余人。
而且还有镇守淮安的总兵、参将，军事力量算得上是雄厚的，抵御这些小股倭寇，按道理说应该是绰绰有余的。但因为当时朝中党争不休，很长时间都不能讨论出一个有效的应对方案，再加上兵丁们在平时又缺少应有的训练，导致这些官兵根本不能打仗，临阵一触即溃。
本来漕运总督兼淮安、风阳、庐州、扬州四府巡抚，这里发生军事问题，照例需要其领兵打仗。但由于存在倭警，为了保证漕运畅通，漕运总督根本顾不上巡抚地方，更谈不上组织抗倭了。
后来，朝廷为了解决这个问题，又专门单设了淮安巡抚一职，并指派一名文官来淮任职，全权负责抗倭一事。
而大明的文官也就那么一回事，虽然其号称知兵，但主要还是停留在理论上，因此一旦进入实战之后，自然就是造成一次又一次的失利了，这使得淮安的百姓们非常失望，大家都希望能有一位真正的英雄人物，率领一支神兵来救国安民。
面对这一现实，沈坤也是十分的感慨，他既痛恨官兵之腐败无能，又无限同情百姓所遭受的灾苦。国家兴亡，匹夫有责嘛，沈坤感到这正是自己为国家为当地百姓出力的时候了。
于是，沈坤在完成了安葬事宜之后，就毅然决定拿出自己家的全部积蓄并变卖了大部分家产，树起了抗倭大旗。他先是招募了一千多名青壮年，并亲自组织训练，把他们变成一支英勇善战的抗倭乡兵。真要说起来，沈坤的这一壮举，比戚继光组建戚家军还要早上一年多时间。
沈坤的乡兵大营设在新城，在新城、河下设立路障，并派人日夜巡逻。同时还建了不少的岗楼，楼下可以藏兵，楼顶上又可以安排人进行了望，发现情况后立即发出警报，这些岗楼被称为“御倭屯了所”。
白天，沈坤在新城内练兵，夜晚的时候他又独居城外，负责巡视敌情。期间，沈坤经常教导他部下的那些乡兵伞，为了保卫大明江山，保卫自己家园，一定要在平时加紧训练，在战时英勇杀敌，这样即使战死了也是十分光荣的。
在沈坤的严格训练和不时的思想教育下，所有乡兵都做到了纪律严明、令行禁止、雷厉风行、英勇善战，因此也就打了许多大胜仗。
在淮安一带的抗倭行动取得阶段性胜利以后，沈坤将姚家荡战场的倭寇尸体弄到一起，挖了一个个深坑进行集中埋葬，上面筑起高墩，把它取名为“埋倭山”，也有人称之为“埋倭墩”，用以激励和警示当地的百姓以及后人。
鉴于沈坤在抗倭一事中所做出的突出贡献，嘉靖三十八年，皇帝下达圣旨，欲任命沈坤为北京国子监祭酒。但是，沈坤还未及赴任，就吃了一场冤枉官司，被逮入诏狱。
沈坤受诬下狱主要由两个方面的原因造成的，一是因沈坤天生聪明能干，才能出众且又“任气违俗”，说话做事绝不随波逐流，不轻易附和别人的意见，非常讨厌阿谀奉承吹牛拍马。所以就难免就会招人嫉妒或仇视，正如俗语所说的“皎皎者易污，挠挠者易折”。
二是因为沈坤在训练乡兵的过程中，是要以军法来进行约束的，自然就要得罪到一些人，如果是官府的军队还好，别人无法随意的进行指责和抱怨。
但沈坤的乡兵却属于“民办”性质的，那些因犯错而受到过军法处罚的人，就会永远记住你对他的军纪制裁。
同时，鉴于官府方面的一些不作为行为，沈坤在安排巡逻防守、打仗杀敌的时候，也难免与官府发生一些摩擦，这些都是造成他后来被诬陷下狱的原因。
在沈坤去世后，朝廷虽然对他没有一个正式的说法，但是淮安当地的百姓们却十分怀念他。人们在姚家荡建立一座报功祠，纪念他的抗倭功劳。为了保存沈坤的遗迹，人们把沈坤家附近的抗倭屯了望所改建成了状元楼，以表示家乡人民对他的怀念。
后来又把他早年读书的新城南门楼修建一新，也称作状元楼。这座楼上面的匾额，出自万历年间淮安书法家熊斗阳的手笔。
详细的介绍完沈坤的相关事迹之后，叶绍袁轻轻的叹了一口气，然后就是一阵的沉默。
胡文霆忽然想起叶绍袁的夫人沈宜修也姓沈，于是就八卦的问了一句：“叶先生，是不是沈状元同叶夫人之间也存在着一些渊源，否则您怎么会对他的相关事迹如数家珍般的熟悉呢？”
叶绍袁朝胡文霆摇了摇头之后，说道：“大将军，虽然沈状元他同我家夫人一样都姓沈，但事实上他们之间并没有任何的渊源，硬要说他们这间有什么联系的话，那只能说五百年前可能是一家的吧。
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