下面徐光启，在得到朱由校的眼神暗示之后，知道该自己出场了，只见徐光启迈着坚定的步伐走了出来道：
“臣，徐光启有事奏陈，臣认为，辽东之事应当皇帝专权而且断。先前辽沈坏恶，皆是朝内群臣尽力攻伐所致。尤其是李成梁放弃宽甸六堡，杨镐冒然出兵，皆是满朝纷争，军事不能专精，至使战事糜烂，兵将不能上下一心，守将不能尽心尽责。辽东军事安排尚未确立消息便以传出，此也失败的重要因素。正所谓兵贵神速。臣请皇帝，圣裁辽东战事。”
徐光启说罢便跪下重重的行了一个礼。大有皇帝不同意他就不起之势。
可徐光启的这一番话瞬间便超过了刚才被朱由校杖杀陈良训，下面的官员一时间议纷纷议论了起来，朝堂之下嘲哳于耳。两侧站立的负责维持秩序的更是大汉将军接连喊了三次“肃静”方才止住群臣的嘈杂之声。也正在安静之时，赵南星轻咳了两声，站了出来。
“臣，赵南星弹劾徐光启，请皇帝治徐光启欺君之罪。徐大人，身为汉人，却信异教，又以异教言论蛊惑我大明朝堂臣认为此是徐大人罪一也。其次徐大人说军事皇权专断，由祖制不符，此徐大人罪二也，即破坏祖制。徐大人罪三就是，乱用西学，祸害一方，误导君臣。此罪三也，欺君之罪也”
赵南星作为一个在朝堂多年的人，怎么猜不出徐光启那一番话就是皇帝的意思。可皇帝掌握军权，怎么会被文官集团容许呢。很快在叶向高的眉目授意之下一大批言官迅速跳了出来，支持赵南星的意见。
“启禀皇上，臣不敢苟同赵大人意见 臣认为，孔子云：有教无类。所以不管西学，东学只要是起到教化作用的皆是学问。并且徐大人所信仰之外教，自唐汉以来变传入我国，自汉唐之间千余年，照赵大人的理论信仰佛教也是邪教霍众，那惠王，桂王殿下……。另外徐大人所成立的科学院，火器局为我大明装备发展可谓重要贡献有何谈误国，是罢英国公，某乃文人不懂这火器之凶，尚能看到之厉。”
方从哲站出来一边说一边看了一眼英国公张维贤，其实这群文官不知道的是就在昨天在小皇帝的帮助下三人已经暂时的结成了同盟，就等着今天文官了。
见方从哲把话题引导到自己这里，张维贤也不在装了，直接站出来说道：
“启禀皇上，方大人，臣认为，皇帝陛下尚且年幼，独裁军事恐有不恰当的地方，所虑甚少。且我朝军事有五军都督府，兵部存在设立其他机构导致事权重叠，不太利于军事指挥。依照愚臣灼见，辽东军事复杂，而今陛下未及弱冠执掌天器，恐难以完全思量，应选择朝堂精明之臣，协助陛下参谋军务。徐大人所谓军机处应为方便皇帝顾问咨询。”
朝堂之上，张维贤一席话再次划破天际，谁不知道张伟贤死心塌地跟着皇上 张维贤的话语无疑不是代表着朱由校的意思，此刻赵南星才意识到他被朱由校摆了一道，朱由校的目标从来都不是直接掌控军队，而是像文官掌控内阁一样，成立一个机构专门掌控军队。朱由校也知道自己完全控制军队在现在是完全不可能的，只有缓缓而图之。
但是现在还不能说是掌控全部军队 只能说是为了辽沈而设立的顾问机构——军机处。作为后代学历史的朱由校，知道满清虽然是文化的倒退，但是雍正皇帝的三大举措可谓有跨时代的意义，对自己来说也是很符合实际情况的，什么共和什么的现在肯定不可能搞！
张维贤一席话瞬间打懵了叶向高一行人，这让他们很难否变，因为不同意，用祖制来否决皇帝设立这个机构的合法性的话 ，那他们内阁不也就丧失了合法性吗？
朱由校端坐龙椅上死死的看着下面的文官们的表情，此刻一个个东林一派的文官纷纷面露难色出来，他们万万没想到跳进来皇帝的陷阱，而且张维贤，方从哲，和皇帝一派的人达成了某种共识，现在他们东林党在这场朝会上就像跳梁小丑一样，自己已经被皇帝拿的死死的了。在道义自己一派肯定搞不过他们几派，而且这时候只要皇帝想，陈良训随时可以变成他们。
看着下面的文官不再发言，朱由校沉声的说：“准，英国公所奏请，令英国公署理五军都督府事务。另外成立军机处协助朕处理辽东一切军事。英国公张维贤任首席军机大臣，徐光启，袁可立，王再晋，王象乾，任领班军机大臣。王洽，李邦华，孙传庭，孙承宗，洪承畴，杨鹤，朱童蒙任协办军机。此后军机处办公设立于武英殿，内阁办公于文华殿。另首辅方成哲，操劳国事，夙兴夜寐，劳苦功高特加方从哲太子少保衔，加文化殿大学生，协助朕总领辽东民政军需。今后凡辽东奏章有通政司直传军机处和方从哲处，退朝吧，另外诏命军机处军机大臣到武英殿值班，待朕咨询。”而朱由校也是在群臣愣神之际快速的完成了这一次的人事安排。
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