南宋时期开始，一直到明朝，
士绅不再是一个有地位的群体，而是一个庞大的阶层，渗透到了南宋社会的各个角落。
因为南宋之后，科举分为州试、省试、殿试三级，
虽然只要通过省试便有名次，但仍有大量的考生因无法通过省试而落榜。
以明朝为例，200万童生仅有3万能成为生员，1500人成为举人，300人能获得进士学衔的残酷淘汰率来看，
一个立志在科举中考取功名的人，只有1/6000的概率能成为进士。
但明太祖朱元璋，显然不愿看到这1/6000之外的失败者，自暴自弃、甚至投敌，
毕竟大明朝周围的敌人，还有很多，如蒙古的瓦剌、鞑靼、安南、辽东女真、麓川土司等。
这显然不符合，大明朝的国家利益，
出于巩固皇权，笼络文人的需要，
明太祖朱元璋，虽然不能给举人之下的落榜者官职，
却给予了他们很高的社会地位，并给予他们免除徭役纳税等优惠，
这就是明朝祖制“官绅不当差、不纳粮”的由来，也是明朝立国之根本。
而这些没有考取功名获得官职但有一定社会地位的读书人，
就和那些考取功名进入体制内的官僚，
一起构成了大明朝全国的统治的基础———官僚、士绅阶层。
而那些没有功名的底层士绅阶层，最尴尬的地方在于，
他们读书人的身份，使他们既不能经商，又为了尊严而不能务农，
所以他们就利用自己读书人的人脉，和那些当官的官僚阶层，联合在一起，成为了地方上得统治阶层。
而在“皇权止于县政”的大背景下，
大明帝国又不得不倚靠这些底层士绅，帮助治理乡里，这也是古代小农经济的无奈之处。
毕竟依靠底层士绅治理地方，大明朝不用支付一分钱的工资，就实现了全国的管理。
如，在电视剧《大明王朝1566》中，
海瑞任职的淳安县，
除了海瑞是朝廷派遣，大明朝要支付工资官员俸禄。
剩下的师爷、捕快等都是没有工资俸禄的，
他们师爷、捕快，正是地方上底层士绅的代表，
朝廷空降的县令，想要治理一方，就必须要倚靠这些地头蛇，
而他们也相应的拥有了地方上得调停权和租税权，
成为了大明王朝，在全国各地的统治根基，
成为了皇权的重要辅助，
所以，无论底层还是高层士绅，对最高统治者皇权而言，都不可或缺。
正所谓
皮之不存，毛将焉附 ，
反之亦然，
毛不焉附，皮之不存。
如，元末没有上升通道的士绅阶层，在元朝后期，成为元末起义的背后推手。
明太祖朱元璋，之所以最后获得天下，就是跟士绅阶层相互合作的结果。
但明太祖朱元璋，从内心深处是痛恨士绅阶层的，
再加上当时很多江南士绅感怀张士诚的宽大政策，
更是引发了朱元璋对江南士绅集团的疯狂报复。
所以朱元璋夺其土地，迁其住所，增其捐税。
而在铲除士绅经济基础的同时，
朱元璋还废除了宰相制度，夺走了文官集团的话语权，
士绅阶层在明初，受到了前所未有的打击，
沈万三家族的沦落，就是最好的说明。
问题是，即便朱元璋一度停止科举，对士绅阶层釜底抽薪，
但偌大的大明帝国，终归还是需要士绅阶层参与管理的，
于是自明太祖晚年，科举又被重启，且步入正轨，士绅阶层又再次重新崛起。
经过将近百年的发展，
此时的士绅阶层，在底层与地方官达成默契，结成牢不可破的利益联盟。
底层士绅，利用自己的社会地位及一技之长，
尤其是在明朝文盲横行时代对文字的垄断，
逐渐承担起了至少5类不同职责，包括：
调节农民之间的法律纠纷；
监督地方学堂与书院；
监督水利工程；
招募和训练地方民兵以及包揽农民税收，上交衙门属员。
随着官僚、士绅集团势力的巩固，
官僚、士绅集团强大到甚至可以威胁皇权，
典型如，正统年间的“内阁三杨”一度完全压制皇权。
除此之外，官僚士绅集团还催生了地方书院议政之风，
不仅开启了朋党之争，更掌握了社会舆论，夺取所谓的“道统”，
即官僚、士绅对儒学的解释权，皇权受到了巨大威胁。
虽然经过土木堡之变和南方之乱后，
此时的官僚、士绅势力，大大减弱，
但却依旧牢牢的掌握了地方上得话语权和统治权。
官僚、士绅阶层，依然是大明朝地方上的主要统治力量，是大明朝的根基。
而要想彻底根除地方上的士绅阶层，
就必须改变土地所有制的性质，
但显示，这并不现实，
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