【诚然太平军给江南各省带来了严重的破坏，但恶欲横流势力交错的清军，也同样在平叛过程中给百姓造成了不亚于太平天国的沉重伤害。
尤其湘军为祸最甚，最不择手段。
他们借肃清为名，在攻破九江、安庆、天京等城市后，都进行了大规模的屠杀和劫掠。
不仅掘地三尺搜寻太平天国藏匿的财物，还将城内百姓的财物洗劫一空，女性被侮辱，男性被抓为劳力，大量无辜百姓惨遭屠杀。
太平军来了搜刮地主富商，清军来了同样劫掠无度，甚至手段更为残酷。
一切的根源，还得归结于腐朽不堪的清朝本身。
公元1853年，曾国藩奉命帮办湖南团练，后发展成湘军。
曾国藩在湖南督办团练时，为了肃清吏治，避免官匪勾结，将地方土匪流氓作为主要打击目标。
仅四个月，就斩决犯人一百零四名，毙杖二名，监毙狱中三十一名，手段严厉，杀戮甚多，杀人如同剃头，“曾剃头”的说法由此开始流传。
雷厉风行的行事手段也让曾国藩练就出了一支有战斗力的湘军。
1854年2月，曾国藩奉命率湘军自衡州起程，与太平军西征军在湘潭、靖港交战。
但是奉命作战的湘军却得不到朝廷拨发足够的粮饷，除了由江西、安徽、湖南等周遭地方供应协饷外，清廷给了湘军一道特权，那便是自行筹措粮饷。
这给了湘军以此为借口，大肆为自己争取利益。
初期湘军对太平军的战事并不顺利，输多赢少。
转变发生在1856年的天京事变。
太平天国定都天京后，洪秀全深居简出，贪图享乐。
杨秀清得以独揽教、政、军大权，并取得代天父传言之权。
1856年8月，杨秀清逼洪秀全封其为“万岁”，夺权意图昭然若揭，洪秀全一面答应于9月杨秀清生日时为其加封，一面密召韦昌辉、石达开、秦日纲等回京“诛杨”。
9月1日，韦昌辉从江西战场赶回天京，与秦日纲会合，当夜突袭东王府。
杀死杨秀清及其家属、部下，随后又以清除“东党”为名，在两个月内杀害杨秀清部属男女2万余人。
太平天国军政一时陷入严重动荡。
9月中旬，石达开赶回天京，斥责韦昌辉杀人太多，韦昌辉却准备杀石达开，石达开连夜逃离天京，韦昌辉将其留京家属尽数杀害。
石达开逃到安庆后，调集大军准备讨伐韦昌辉，并要求洪秀全诛杀韦昌辉。
11月初，洪秀全迫于军事压力下令诛杀韦昌辉，将石达开召回天京。
洪秀全经过诸多变故后，对石达开怀有戒心，以分散其兵权牵制石达开。
石达开不满，于1857年5月率部出走天京，还带走了大量太平军将士，致使太平天国出现“朝中无将，国中无人”的局面。
太平天国就此迅速衰落。
其内部领导层的一系列争权夺利，与短视享乐，充分暴露了没有完善覆盖上中下知识阶层辅佐的弊端。
尤其像杨秀清、萧朝贵等都是出身贫苦的烧炭工、矿工等，文化程度很低。
洪秀全和石达开虽然有着一定的文化素养，但他们自身也有着各自的问题。
天京事变后，太平天国军事实力迅速下滑，湘军趁机先后攻克重镇武昌、袁州，太平天国在湖北和江西的大片区域沦陷。
后续又攻克湖口，围攻九江。
1858年五月，因城中粮草耗尽，湘军最终攻克九江。
湘军破城后，对九江军民展开了大规模屠杀，大量无辜百姓惨遭杀害，同时湘军疯狂劫掠城中财物，致使九江城遭受了严重的破坏。
后续湘军乘势猛攻安庆。
同年九月，湘军在击败驰援安庆的太平天国援军后攻克重镇安庆。
湘军在攻克安庆之后又进行了屠杀和劫掠。
将一万多名太平军将士全部屠杀殆尽，曾国藩的幕僚赵烈文记载“杀贼凡一万余人，男子髻龀以上皆死”。
“髻龀”指儿童，意指除了一万多名太平军，城中男性孩童以上的人群也基本惨遭毒手。
“城中凡可取之物，扫地以尽，不可取者皆毁之。”
甚至剖棺以求财物，士兵们抢夺的金银、衣物不计其数，有士兵一人就抢到黄金七百余两。
太平天国西部防线就此瓦解。
虽然太平军正面已无法击败湘军，但却仍有力量向东南浙江一路攻城掠地，迅速攻克杭州并占领浙江大部地区。
但不受太平军主力抵达的湘军，此时也已经顺长江直下实现对天京的包围。
洪秀全急召正在进攻上海的李秀成救援。
李秀成紧急率领十万大军回援，但进攻湘军十余日仍不能退敌。
洪秀全只得命李秀成围魏救赵，转而进攻湖北，以迫使湘军回援。
但途中受到湘军顽强阻挡，李秀成最终只能折返回援天京。
此时李鸿章也在太平军放弃进攻上海后，率军从上海向西收复无锡、苏州等重镇。
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