联合舰队成功阻止神秘势力解封古老力量，泽塔星系恢复平静。然而，大战过后，这片星系满目疮痍，战舰残骸如死寂的流星漂浮，部分星球生态遭严重破坏，幸存的文明陷入混乱与重建的艰难进程。
联合舰队并未撤离，积极协助泽塔星系展开救援与重建。医疗舰穿梭于各星球，为受伤生命提供救治；工程舰修复受损的星球基础设施，从能源供应站到城市建筑框架逐步搭建。舰长在指挥舰上密切关注各项行动进展，“救援与重建是我们的责任，务必确保泽塔星系能尽快恢复生机。”
林宇带领突击小队成员投身于救助工作。他们深入受创严重的星球地表，帮助疏散被困民众，搭建临时避难所。在一个被战火波及的城市废墟中，林宇听到微弱呼救声，带领队员迅速挖掘，救出一名被困在坍塌建筑下的小女孩。小女孩惊恐的眼神望着林宇，泪水在眼眶中打转，林宇轻声安慰，将她抱上前往医疗舰的飞行器。
在救援同时，科研团队对神秘势力留下的科技与遗迹展开研究。他们发现神秘势力的能量技术虽邪恶，却蕴含先进理论，或许能为联盟科技发展带来突破。科研人员艾丽在神秘建筑残骸中找到一块破损的能量晶体，晶体散发微弱幽光，内部能量流动复杂且独特。她将晶体带回实验室，与团队日夜钻研，试图解析其中奥秘，期望能找到新的能源利用方式或防御技术。
然而，和平表象下暗潮涌动。在泽塔星系边缘的一个荒芜星球，一艘小型侦察舰悄然靠近。舰上是一群神秘势力的残余分子，他们在暗处观察着联合舰队的行动。头目克鲁斯目光阴沉，看着手中关于联合舰队救援部署的资料，“他们以为胜利了，不过是暂时的。我们蛰伏起来，等待时机，给他们致命一击。” 残余分子们开始在星球内部建立秘密基地，修复受损设备，收集周边星际资源，企图卷土重来。
与此同时，在联盟的核心星球，一场高层会议正在进行。联盟领袖们齐聚一堂，商讨泽塔星系战后事宜及联盟未来发展。“这次胜利虽阻止了神秘势力的疯狂计划，但我们不能掉以轻心。”一位白发苍苍的领袖神情严肃地说道。众人纷纷点头，意识到此次危机只是冰山一角，宇宙中或许还隐藏着未知威胁。
会议决定，一方面加大对宇宙探索的投入，组建更多侦察舰队，扩大监测范围；另一方面，加强联盟内部军事力量建设，提升武器装备技术水平，研发更强大的防御与攻击系统。同时，为避免类似危机重演，联盟将与各星系文明加强交流合作，构建更紧密的防御网络。
回到泽塔星系，林宇在完成一天的救援工作后，站在指挥舰的观景窗前，望着这片逐渐恢复生机的星系，心中却隐隐担忧。他深知，神秘势力残余未除，随时可能再次发动攻击。这种担忧并非空穴来风，他在协助科研团队研究神秘势力科技时，发现一些加密信息，虽未完全破解，但能感觉到背后隐藏着更大阴谋。
数日后，在泽塔星系的一个偏远小行星带，联合舰队的巡逻舰发现异常能量波动。舰长接到报告后，立刻派遣林宇带领突击小队前往调查。突击小队乘坐小型飞船抵达小行星带，这里布满大小不一的陨石，能量波动来源不明。队员们小心翼翼地穿梭其中，利用仪器扫描周围环境。
突然，一艘隐藏在巨大陨石后的小型飞船发动攻击，激光束射向突击小队的飞船。林宇迅速操作飞船躲避，“敌袭！全体准备战斗！”突击小队成员立刻进入战斗状态，飞船武器系统启动，回击敌方攻击。经过一番激烈交火，突击小队成功击退来袭飞船，但敌方飞船在逃跑前向小行星带深处发射了信号。
林宇意识到事情不妙，“他们可能在召集更多力量，我们追上去！”飞船加速追击，深入小行星带。不久后，他们发现一个隐藏在密集陨石群中的基地，基地周围部署着防御炮塔，不断向突击小队飞船射击。林宇通过通讯频道向指挥舰汇报情况，“发现神秘势力残余基地，请求支援。”
指挥舰舰长收到消息后，立即派遣舰队前往支援。在等待支援过程中，突击小队凭借灵活的飞行技巧，躲避着防御炮塔的攻击，同时寻找基地防御弱点。林宇观察到基地能量护盾在某一区域出现短暂波动，“集中火力攻击那个能量护盾薄弱点！”队员们听从指挥，飞船武器全力发射，成功击破护盾部分区域。
就在突击小队准备进一步行动时，神秘势力残余部队从基地涌出，驾驶着各种小型飞行器，向突击小队发动攻击。一场激烈的太空混战爆发，飞行器的能量光束交织纵横，爆炸的火光在陨石间闪烁。突击小队成员凭借精湛的飞行技术和紧密配合，与敌方展开殊死搏斗。
战斗中，队员小李的飞船被敌方击中，引擎受损，飞船开始失控旋转。“小李，弹射逃生！”林宇大喊。小李迅速启动弹射装置，在飞船即将撞上陨石的瞬间，弹出驾驶舱，漂浮在太空中。林宇驾驶飞船靠近小李，打开舱门，将他救回。
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