在拜占庭帝国的行政体系中，除了上述提到的中央与地方权力分散、决策环节众多的问题，其官员选拔与晋升机制也成为了行政效率低下的重要因素。
拜占庭帝国的官员选拔并非单纯基于能力与功绩，家族背景、政治关系和财富在其中扮演了相当重要的角色。许多贵族家庭凭借世袭特权，将家族成员安插进政府的各个职位。这些贵族子弟往往从小接受的是与实际政务管理能力关联不大的教育，他们更多地侧重于文学、艺术以及贵族礼仪等方面的修养。然而，一旦进入行政体系，他们却占据着关键的职位，负责重要的决策和管理事务。
以宫廷内部的一些高级职位为例，很多时候这些职位被特定的贵族家族所把持。他们在处理政务时，往往更倾向于维护家族的利益和地位，而非从帝国的整体利益出发。在选拔下属官员时，他们也更看重与自己家族的关系亲疏，而不是应聘者的专业能力。这就导致了在各个行政部门中，充斥着大量缺乏实际行政能力的官员。这些官员在面对复杂的政务时，往往手足无措，只能按照传统的、繁琐的流程行事，因为他们缺乏创新和高效处理问题的能力。
而对于那些出身低微但有才能的人来说，他们要进入行政体系则面临着重重困难。虽然帝国也设有一些通过考试或者功绩选拔官员的途径，但在实际操作中，这些途径往往被贵族阶层和既得利益者所操纵。有才能的人即使通过了初步的选拔，在晋升过程中也会受到来自各方的打压。例如，在晋升考核中，他们可能会被分配到更加复杂和困难的任务，而这些任务的评判标准却往往不明确或者受到人为因素的干扰。相比之下，那些有关系背景的官员则可以通过走捷径轻松获得晋升机会。
这种不合理的官员选拔与晋升机制，进一步加剧了行政体系的繁琐和低效率。在各个部门内部，由于缺乏专业能力强、积极进取的官员，工作流程变得更加僵化。新的理念和高效的管理方法难以引入，因为既得利益者担心这些变化会影响到他们的地位和利益。例如，当有官员提出简化某个行政流程以提高效率时，往往会遭到其他官员的反对，他们担心这会触动自己的权力范围或者改变现有的利益格局。
此外，拜占庭帝国的行政体系还受到宗教因素的深刻影响。拜占庭帝国以基督教为国教，教会在帝国的政治、社会和文化生活中占据着重要地位。教会的教义、仪式以及教会机构与帝国的行政体系相互交织，形成了一种复杂的关系。
在行政决策方面，教会的意见往往具有相当的影响力。许多重大政策的制定，尤其是涉及道德、伦理和社会秩序方面的政策，需要得到教会的认可。例如，在制定关于婚姻、家庭和财产继承等方面的法律政策时，教会的神职人员会参与讨论，并依据教义提出自己的看法。这种宗教与政治的结合，虽然在一定程度上有助于维护社会的道德秩序，但也使得决策过程更加复杂。因为教会和行政部门有着不同的利益诉求和价值体系，双方在讨论过程中往往需要花费大量的时间来协调和妥协。
教会在帝国各地拥有大量的土地和财富，这使得教会机构成为了一个庞大的经济实体。在地方行政管理中，教会与地方政府之间存在着资源分配、权力划分等诸多问题。例如，在税收征收方面，教会的土地是否应该纳税以及纳税的比例是多少，一直是一个争议性的话题。地方政府希望能够从教会的土地上获取更多的税收来支持地方建设和行政管理，但教会则以宗教教义和自身的特殊地位为由，试图减少纳税数额。这种争议往往需要通过中央政府进行协调，这无疑增加了行政事务的复杂性。
同时，教会内部也有着一套自己的管理体系，从大主教到各级神职人员，他们有着自己的权力层级和决策流程。在某些情况下，教会的管理体系与帝国的行政体系会产生冲突。例如，在处理宗教异端问题时，教会可能会采取较为严厉的措施，而这可能会影响到地方的社会稳定。地方行政官员则需要在维护社会稳定和遵循教会意愿之间进行权衡，这又增加了他们在行政决策中的难度。
拜占庭帝国的通信和信息传递技术的局限性，也对行政效率产生了负面影响。在当时的条件下，信息的传播主要依靠信使、烽火等传统方式。信使的传递速度受到交通条件的限制，在帝国广袤的领土上，从边疆地区向首都传递信息可能需要数周甚至数月的时间。而且，信使在传递过程中还面临着各种风险，如道路安全、天气变化等，这可能导致信息的延误或者丢失。
当行政部门需要做出决策时，往往因为信息的不及时而面临困难。例如，在边境地区发生军事冲突时，边境的军事指挥官将战报发送给中央军事部门，等中央部门收到信息时，战场局势可能已经发生了很大的变化。这就使得中央部门依据过时的信息做出的决策可能并不符合实际情况。同样，在地方行政管理中，地方官员向中央汇报当地的情况，如自然灾害、社会动荡等，由于信息传递的缓慢，中央在做出应对决策时也会存在滞后性。
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