嘉平三年，司马懿病逝，终年七十三岁。他临终前留下遗言："吾事魏历年，官授太傅，人臣之位极矣；人皆疑吾有异志，吾尝怀恐惧。吾死之后，汝二人善理国政，辅帝平九州，慎之！慎之！"（我侍奉魏国多年，官至太傅，臣子的地位到顶了；人人都怀疑我有不臣之心，我常常心怀恐惧。我死后，你们好好治理国政，辅佐皇帝平定天下，一定要谨慎！）这段遗言收录于《晋书·宣帝纪》，道尽他一生的谨慎与无奈。
但在民间传说中，司马懿的形象却充满诡谲色彩。《玄异录》记载，他死后葬于首阳山，墓前立有石碑，上书"天下第一奇冢（zhǒng，坟墓）"。但墓中机关重重，不仅有伏弩暗箭，更设下迷魂阵。传说曾有盗墓贼闯入，却见墓室中灯火通明，司马懿端坐在案前，怒目而视，吓得盗墓贼肝胆俱裂，疯癫而死。
对于司马懿的评价，历来褒贬不一。支持者认为他是杰出的政治家、军事家，结束了三国鼎立的局面，为西晋统一奠定基础。反对者则斥其为阴谋家、篡权者，违背人臣之道。这种争议在《三国演义》中尤为明显，罗贯中以蜀汉为正统，将司马懿塑造成阴险狡诈的反面角色。
从正史角度看，司马懿确实推动了北方经济的恢复与发展。他在关中推行水利工程，开凿水渠，灌溉农田；又改革税制，减轻百姓负担。但他晚年发动政变，诛杀曹爽及其党羽数千人，手段之狠辣，也让其背负千古骂名。
纵观司马懿的一生，正如《晋书》所言："和光同尘，与时舒卷；戢鳞潜翼，思属风云。"（隐藏锋芒，随世事变化屈伸；收敛锋芒，等待风云际会）他像一头蛰伏的猛虎，在乱世中隐忍待机，最终颠覆了整个时代。
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