经此一役，唐朝彻底统一了南方，而李孝恭也因平定巴蜀、荆襄、江南的赫赫战功，成为唐初最具威望的宗室将领。李渊曾对大臣们说：“当年萧何镇守关中，给刘邦提供了稳固的后方；如今孝恭平定南方，为我大唐打下了半壁江山，他的功劳，堪比萧何！”
然而，功高盖主往往是功臣的隐患，尤其是身为宗室，更易引发皇权的猜忌。但李孝恭却深谙“避嫌自晦”的道理，平定江南后，他主动向李渊请求辞去行军元帅之职，回到京城长安闲居。回到长安后，他也从不参与朝堂争斗，而是将精力放在修建宅第、收藏古玩上，偶尔与文人雅士饮酒赋诗，从不谈论时政。李世民发动玄武门之变时，许多宗室与功臣都卷入其中，李孝恭却保持中立，既不支持李世民，也不支持李建成——他知道，作为宗室，卷入皇子争斗，只会引火烧身。
李世民登基后，对这位堂兄的沉稳与识趣十分欣赏，不仅没有猜忌他，反而加授他为礼部尚书，继续让他享受五千户的食邑，还将他列入凌烟阁二十四功臣，排名第二。贞观初年，有人诬告李孝恭“谋反”，李世民亲自调查后，发现是诬告，便对李孝恭说：“你是我大唐的功臣，又是宗室至亲，我怎么会相信这些无稽之谈？”为了安抚李孝恭，李世民还特意赐给他一把宝刀，说：“这把刀，既是赐给你的荣耀，也是我对你的信任——以后若有人再诬告你，你便用这把刀，证明自己的清白！”
李孝恭晚年愈发低调，他在长安的宅第宏伟壮丽，却从不接待宾客，也很少出门。他常对家人说：“我出身宗室，又有平定江南的功劳，能有今日的富贵，已是万幸。若再贪图权势，恐有不测之祸。”贞观十四年（公元640年），李孝恭病逝，享年五十岁。李世民得知后，悲痛不已，下令辍朝三日，追赠他为司空、扬州都督，谥号“元”，还亲自为他撰写碑文，将他陪葬昭陵——这是唐初功臣的最高荣誉，象征着他与李渊、李世民父子的深厚情谊。
李孝恭的一生，完美诠释了“宗室名将”的理想形象：他既有宗室的身份优势，能得到皇帝的信任与重用，又有实打实的军事才能，凭功绩立足，而非靠血缘混资历；他在战场上运筹帷幄，平定南方半壁江山，加速了唐朝的统一进程；在朝堂上，他懂得避嫌自晦，不贪权、不恋位，始终保持低调，最终得以善终，避免了许多宗室功臣“功高震主、身遭横祸”的悲剧。
后世对李孝恭的评价极高，《旧唐书》称他“性豪奢，好游宴，然宽恕退让，无骄矜自伐之色”，既肯定了他的军事功绩，也赞扬了他的品格；司马光在《资治通鉴》中更是将他与李世民、李靖并列，认为唐初统一战争中，“北方之功归于太宗，南方之功归于孝恭”。如今，在陕西昭陵的陪葬墓群中，李孝恭的墓虽历经千年风雨，却依然能让人感受到这位唐初宗室名将的荣光——他用一生的智慧与功绩，在唐初的历史画卷中，留下了浓墨重彩的一笔，成为后世宗室功臣的典范。
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