次更着重引用《大乘起信论》，以阐扬禅教诸家的共通教义，认为一切凡圣根本都是灵明清净的一法界心，此一法界心有真如、生灭的真、妄二门，真如门又有不变、随缘，生灭门有体空、成事二义。又由真妄和合而成的阿梨耶识，有觉和不觉：不觉是六道凡夫的根本，有本末轮回十重；觉是三乘贤圣的根本，有修证十重。从不觉到觉，又有翻迷十重等等。它以《起信论》又沟通禅教诸家的学说，给予后来禅教会通之说的流行影响很大。
此序从宋、元以来即受到禅教各宗学人所重视，最初宋刊本载有“大宋钱塘严明男严楷勾当雕开板”的标记，元大德七年禅师雪堂仁加以重刊，明代收入北藏，此后各藏及坊刻本均续刊行。
此序是由于作者有感于禅宗与教下之冲突而作，因此，其中心目标乃在解说禅教之一致。在此书中，宗密即本此调和禅、教的立场，而将禅门与教下诸宗作一比勘与融通。他将禅门分为三宗，即息妄修心宗、泯绝无寄宗、直显心性宗；又将教门分为三类，即密意依性说相教、密意破相显性教、显示真心即性教。然后将宗门与教下相应之系统互相配属。
宗密在此书中所述之佛教形上学，多以《大乘起信论》为依据。此书卷下之二附有佛教形上学之图表，即依《起信论》所说而绘。
禅宗，华夏佛教宗派。主张修习禅定，故名。又因为自称“传佛心印”，以觉悟众生本有之佛性为目的，所以亦称佛心宗。禅宗的祖庭有河南少林寺，安徽岳西二祖寺、天柱山三祖寺，湖北黄梅四祖寺、五祖寺以及广东南华寺等。
依传说菩提达摩为创始人，被尊为初祖，其后几代的传承者依次有慧可、僧璨、道信、弘忍等。禅宗传承的影响，自四祖道信时开始扩展，结束了流动生活，于黄梅双峰山聚众定居，垦荒自给。五祖弘忍始为朝廷承认，其禅称为“东山法门”，门徒布于全国，形成许多传禅基地。安史之乱后，禅宗分为南北二派。北宗尊神秀为领袖，强调“拂尘看净”，要求“慧念以息想，极心以摄心”，通过打坐“息想”，起坐拘束其心，实现拂除客尘烦恼，清净自心的目的，被称为“渐悟”。南宗奉慧能为领袖，经慧能弟子神会等人的努力，受到自藩镇以至王室的重视，主张心性本净，觉悟不假外求，不重戒律，不拘坐作，不立文字，强调“无念”、“无相”，“即心是佛”，“见性成佛”，自称“顿门”。慧能着名的弟子有南岳怀让、青原行思、荷泽神会、南阳慧忠、永嘉玄觉，形成禅宗的主流，其中以南岳、青原两家弘传最盛。南岳下数传形成沩仰、临济两宗；青原下数传分为曹洞、云门、法眼三宗，世称“五家”。其中临济、曹洞两宗流传时间最长。临济宗在宋代形成黄龙、杨岐两派。合称“五家七宗”。
作为禅宗代表经典的《六祖坛经》，主张心性本净，佛性本有，觉悟不假外求，舍离文字义解，直彻心源。认为“于自性中，万法皆见；一切法自在性，名为清净法身”。一切般若智慧，皆从自性而生，不从外入，若识自性，“一闻言下大悟，顿见真如本性”，提出了“即身成佛”的“顿悟”思想。
另外，禅宗思想广泛流传的过程中，将其自然任运的态度注入了华夏文化的方方面面。禅家南宗的主张经过南岳、青原一二传以后，便将禅的意味渗透在学人的日常生活里，使它构成一种随缘任运的态度。严格的说来，这已不属于佛家三学的纯正类型，而它的理论根据也和教说相去渐远了。本来，南宗主张定慧等学，不分先后，是用契理的知行合一来解释定慧为一件事的两方面，又还说外离相即禅，内不乱即定，这样早已扩大了禅定的范围。到了南岳的启发马祖，更生动地用磨砖不能成镜来形容坐禅无从作佛，就不再拘泥平常所说静坐习禅那些功夫了。但是，禅家一切行为的动机，始终在向上一着，探求生死不染、去住自由的境界，并且不肯泛泛地去走迂回曲折的道路，而要直截了当把握到成佛的根源。这个根源，在他们所认识到的，即是人们的心地，也可称为本心。说心还嫌空灵，于是从心思所表现的各方面即言语举动等来讲。像马祖门下的大珠回答如何用功修道的问题就说：“饥来吃饭，困来即眠”；而这些和常人不同之点，即在当时毫无计较，纯任本然。他们又常常说“平常心是道”、“拟向即乖”，可见都是在日常生活上着眼的。后来更有人说这些不但是心的作用，而且是性的发现，所引的论据即异见王和波罗提尊者的问答。波罗提说见性是佛，性在作用，意指见闻觉知，这样说成性和作用无异。宋明理学家很不满意这种看法，常批评禅宗只知道心而不明白甚么是性，因为泛泛的见闻觉知并没有当为不当为的意义，自然说不上是性。但在禅家认定“即心即佛”，不假修成，由此本心流露无不解脱，是无妨看它作性的。所谓真正道人，“随缘消旧业，任运着衣裳”，当行就行，当止就止，自然合泊而成为随缘任运的生活。禅宗的这种思想特质，对于后世华夏产生了深远影响。
沩仰宗。沩山灵佑及其弟子仰山慧寂创立。其修行理论继承和发扬道一、怀海“理事如如”的精神，认为万物有情皆有佛性，人若明心见性，即可成佛。
临济宗。义玄创立。因义玄住镇州临济院而得名。提出“三玄”、“三要”、“四料简”、“四照用”等接引学人。因其机锋峭峻，别成一家。
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