看得出来朱见深还真的要开始治理朝堂了，过后没几天又诏敕群臣修举职业，说道：人君治国，必先得贤；人臣辅治，必谨奉法。从太祖高皇帝创业，岁月滋久，文恬武嬉，往往恣情玩法，堕职偾事，形迹败露。朕怕尔等不知儆戒，以致名节不立、勋业无闻，国家将何以赖之？今特戒谕，当奉公守法，以称求贤图治之意，敢有执迷不悟，仍蹈前非者，决不姑宥。可是目前的朝堂不是这样发几个诏敕能改变得了，各方利益已经平衡，看似风平浪静，其实都在观望。
四川播州宣慰使杨辉偏爱其庶长子杨友，欲夺嫡子杨爱的继嗣权，但诸部不从，发生骚乱。杨辉遂与四川巡抚张瓒密谋，请旨另立安宁宣抚司，以杨友为使。
杨辉死后，杨友诬杨爱图谋不轨，欲反朝廷。朱见深诏命刑部左侍郎何乔新前往勘处。
何家乃是世家官宦，其父何文渊是个老学究，在景泰年为吏部左侍郎。次年，升吏部尚书。三年四月，加衔太子太保。景泰四年，对贵州等地苗民起兵一事，意见与其他大臣不合，何文渊建议撤去布使、按察两司，专设都指挥使司，用大将镇守。于谦说：“不设两个司，是放弃了这地方。”建议遂作罢。被给事中林聪弹劾下狱。未几，被释归故里。
到了景泰八年正月，英宗复位，削去何文渊加官。又因在景泰中易储诏书里“父有天下传之子”一语，系出自何文渊，英宗传命逮捕。何文渊被迫自缢，终年73岁。
何乔新乃是何文渊第三子，在景泰五年中进士，正因为父亲的枉死，何乔新性情大变，成化年后拜刑部侍郎，万安、刘吉等忌何乔新刚正，出为南京刑部尚书。
要说朱见深昏庸，还真不好说，关键时刻所做出的决断很高明，四川播州一直让朝廷不放心，现在果然出事了，这种骚乱发展下去就是战乱，反看在朱见深登位后，平日里不上朝，玩自己的，痴迷入道，在关键时刻好像突然间清醒了般，做出的决断非常果断，所托之人更让人难于估摸，从登基起因为朱祁镇和朱祁钰的争斗让群臣人心惶惶，大家都担心朱见深会和他父亲一样杀害贤臣，但朱见深并没有这样做，首先就是要为曾经帮助朱祁钰抗敌的大将于谦平冤。
除此之外朱见深还承认了叔叔朱祁钰是景泰帝，恢复他的名号，重修景泰帝陵寝。这些以德报怨的行为都让群臣对他赞赏不已，纷纷表示必将忠诚于他。
解决了内忧之后，朱见深便想着要排除外患。广西瑶族叛乱，朱见深任命都督同知赵辅为征夷将军，总领所有总兵，最终平定了广西大藤峡的瑶族叛乱。 第二年毛里孩发生叛乱，进攻固原，朱见深授朱永为平胡将军前去平定叛乱，不管怎么样，反反复复最终获胜。不过让人震撼的一场战争就是汪直对战女真部落。女真部落早年间就对明朝土地多有侵犯，到了成化年间更是狂妄至极，屡次进犯。
于是朱见深下令要剿灭女真部落，同时还邀请了邻国参战，最终女真首领李满住和他的儿子全部被杀，其余被杀的女真族有630余人，俘虏240余人，几乎是灭族了。这就是满清入关之后负责编纂《明史》，由于记恨朱见深的所作所为，所以在记录朱见深时刻意地进行抹黑。不管怎么样但滥施赏赐，专宠汪直，寄情于声色货利，奇巧淫技，导致厂卫特务横行，农民起义不断。也是朱见深在位时的注释。
而这一次朱见深又出乎所有人的意料，诏命何乔新前往播州，乃宣杨友、杨爱二人面对真伪，尽得其始未，遂为杨爱正名，夺杨友之官，斩杨友同谋张渊。播州遂平。可以说这一次朱见深又赌对了，要是换了他人还真不好说，四川将又一次引起兵变，可见何乔新的能力。
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