时年八月，李茂贞堂弟保大节度使李茂勋率兵进驻三原，意欲解除凤翔之围，但不敌汴军。
二十二日，李茂贞再一次集结全城兵力，决意出城与朱温决战；结果再一次大败，汴军趁机攻城，几乎攻破岐州西门。
此战之后，李茂贞闭门死守再也不敢轻易接战。
李茂贞虽然不是朱温的对手，但这并不妨碍他在凤翔大耍权臣威风，肆意凌虐昭宗和他的宫廷。
一次宴会上李茂贞酒至酣时，竟然以巨杯劝帝酒；昭宗不想喝，李茂贞举杯叩帝颐颔！如此跋扈，董卓、曹操也不遑多让！
战争如火如荼地进行着，时间也到了雨季，连日阴雨连绵，汴军士兵大多发病，而凤翔军坚守城池，始终不肯出城作战。朱温看短时间内难以攻破城池便有意退兵，但是遭到部将高季昌、刘知俊的强烈反对，二人表示：“咱们困难，凤翔也困难，此时撤军前功尽弃，依我之见大帅应该派间谍混入城中，用计诱骗李茂贞出城！”
朱温同意了二人的请求，这时候有个叫马景的士兵主动提出要去当间谍，他对朱温说：“我去必死无疑，但求大王能够善待我的妻子儿女。”
马景甘为炮灰的精神让朱温深受感动，朱温表示你放心去死吧，其他事情无需多虑。
马景便骑着大马直奔凤翔，入城后他对李茂贞说道：“汴军已经撤兵了，大营中只有一万多老弱病残，今夜也将离去。”
李茂贞白天也看见大队人马出了汴军营盘，便对马景的话信以为真，当即决定趁夜劫营。
是夜凤翔军倾巢而出，偷袭汴军大营，朱温见李茂贞中计，立即敲响营中战鼓，伏兵尽出猛攻凤翔军，此外又派遣数百精兵死守岐州城门。凤翔军进退两难，自相践踏死伤无算，李茂贞拼尽全力才侥幸逃回城中，此后再也不敢应战。
大胜过后朱温再次命令汴军大举攻城昼夜不停，攻城者嘴里叫骂城中是“劫天子贼”，守城者则反怼城外是“夺天子贼”，双方连打带骂热火朝天.
朱温将凤翔重重包围了一年多，可怕的灾难降临到城里所有人的头上。随着原有的存粮耗尽，城中出现了粒米粒金的行情。饥饿的官兵开始疯狂洗劫城市，掘地三尺也要搜出口粮。不少人也拷掠百姓勒索财物，将除了王府邸外的其他建筑摧毁。部分贪婪官吏明知道城中粮贵，还以5两10石的价格向城中殷实家庭征粮。如果交不出这么多粮食，就要以每石300两的代价偿付。最后弄得城中所有富户破产，普通中产也陷入赤贫。
守城官兵和富户尚且如此，一般百姓更是阖家等死。因为城中缺粮不是奸商囤积所致，所以掏出毕生积蓄也无法买到食物。他们只得将树皮与树根夹杂着烂棉花食用。
李茂贞觉得再也难以与朱全忠相争，其子李继徽道：“厌恶朱全忠之人并非当今万岁，而是韩全诲一帮阉党。与朱全忠长此以往，对我西歧不利。”
李茂贞道：“继徽之言，莫非要诛杀阉党，以退朱全忠大兵。”
李继徽道：“父帅与朱全忠动兵，上无天子决心，下无诸侯响应。若剿灭阉官送万岁还京。万岁必然不会怪罪父亲，朱全忠自然也会退兵。”李茂贞便遣密使往朱全忠大营求和，并愿缉拿挟持皇帝的大太监。朱全忠之心全在劫持皇帝，并无心夺取西歧，便说只要李茂贞缉拿阉党，送回御驾后自己便班师回朝。
天复三年（903年）正月初六，李茂贞在得到昭宗首肯后，抓捕了韩全诲、张彦弘、袁易简、周敬容等四名宦首，随后又抓捕了参与劫持昭宗的李继筠、李继诲等十六人，全部推出斩首。
次日，昭宗派近臣韩偓和赵国夫人将二十颗大好头颅送到朱温帅账，并给朱温传诏道：“过去胁留车驾、离间君臣的就是这些人；现在这些人已经被朕和李茂贞杀了，你可以宣谕诸军以解众愤。”
朱温拜诏奉旨，但迟迟没有撤去围困凤翔的大军，李茂贞此时已经心乱如麻，朱温迟迟不走莫非想吞并凤翔？得马上和崔胤搞好关系了！
李茂贞奏请昭宗尽快将崔胤召到凤翔接他回宫，昭宗自己也急着要回去，于是三番四次给崔胤传诏，言辞恳切称已经恢复了他的全部官职，命他尽快前来凤翔接驾。
但是崔胤却称病不来，昭宗没办法，只能叫朱温给他去信。朱温写信半开玩笑地说：“我没见过天子，你来帮我认认？”接到朱温的书信崔胤的病马上就好了，一路风驰电掣地赶到凤翔。
二十二日双方谈妥一切事务，李茂贞大开城门放昭宗出城，朱温则一身素服站在城外请罪。昭宗赶快派使臣宣读赦免朱温一切罪过的诏书，并撤去身边亲、勋、翊三卫仪仗，独留金吾将军前去报平安。
这是朱温第一次见到昭宗，见面之后朱温立即跪倒在地，双眼含泪像极了一个忠臣，昭宗也不免感动，君臣二人哭成一片。
昭宗将朱温扶起来后对他说道：“大唐江山多亏爱卿才能再次平安，就连朕的性命也多亏爱卿才得以保全。”说着还把腰上的玉带解下来赐给朱温。
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