1995年9月29日，《曲江南都报》对该举报信进行报道，要求东瓯市相关部门给出回应。
1995年10月1日，曲江省相关部门根据包括该匿名信在内的数百封举报信件所提供的‘证据’，对‘神童林淼’展开了为期8小时的封闭式调查。调查结果显示，所有368封举报信所提供的信息，均为错误、不实、个人主观臆测。
1995年10月13日，东瓯市瓯城区公安分局传唤16名瓯城区本地居民，对该16名在瓯城区广泛传播不实消息，并向曲江省相关机构投递举报信件的行为，展开调查询问工作。
根据该16名匿名举报者的供述，其中3人的举报理由为‘出于正义，为社会公平发声’，11人的举报理由为‘闲着无聊，跟着起哄’，另2人则交代‘与神童父亲有过矛盾，所以故意对起进行打击报复’。
1995年10月13日，东瓯市瓯城区公安分局根据相关治安条例，以‘故意寻衅滋事罪’，对该16名人员，进行了3-14天不等的行政拘留处罚。该16名人员及其家属均无异议。
1995年11月15日，《曲江南都报》就该报社记者袁佳洁的错误报道，向东瓯市教育局登报致歉。同日，《东瓯日报》收到18封匿名举报信，均指‘神童林淼’与调查组之间存在不可告人的关系，要求重新调查该案。
1995年12月初，来自前文所提到的某华北城市两所着名教育机构的赵乾元主任和钱穆恩教授，全程监考了‘神童林淼’在东瓯市全市学科竞赛的数学比赛，‘神童林淼’最终以满分成绩，获得1995年度东瓯市全市初中生学科竞赛数学比赛一等奖。
1995年12月20日，东瓯市教育局再次收到关于‘神童林淼’在全市学科竞赛中获奖的匿名举报信，要求重新调查‘神童林淼’案件。
1995年12月27日，曲江省及东瓯市相关部门联合声明，不再接受任何关于‘神童林淼’事件的匿名举报信。声明表示，该事情事实清楚，证据充分，林淼同学成绩清白无误。
1995年12月30日，曲江省及东瓯市各部门收到匿名信，某市教育局领导遭到无端谩骂和人身威胁。同日，东瓯市公安局对此事展开立案调查，于3小时后抓获犯罪嫌疑人。据了解，该嫌疑人为偏执型精神病患者，被公安机关释放后，转送入当地相关医院接受治疗。
1996年1月25日，‘神童林淼’参加东瓯市全市初三期末模拟考，考试成绩排名全市第一。次日，经市有关部门允许，除个别涉及人身威胁的信件被送往当地公安机关留档，其余所有匿名举报信被集中销毁。又次日，东瓯市纪监委收到举报‘神童林淼’的匿名信6封，强烈抗议东瓯市有关部门不接受举报‘神童林淼’的决定，批评相关部门渎职。
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