凉宫春日和古泉一树同样不认识男主，而且一个不再是神，一个不再拥有超能力。
一开始他们还以为男主是搭讪的怪人，在男主说出他是三年前的“约翰·史密斯”以及他当初写过“我在这里”的外星文之后，凉宫春日才意识到他不是一般人。
随后，三人去了一家家庭餐厅。
男主将所有的情况告诉凉宫春日和古泉一树，凉宫春日不但相信了男主的话，还拉着古泉一树一起去了男主就读的学校。
到了学校之后，拉上朝比奈实玖瑠，去了本应是SOS团社团活动室的文艺部。
正好长门有希也在。
SOS团五人齐聚，活动室的电脑自行启动，曾经的长门有希留下的话一行又一行地出现，说是让男主自行选择要不要启动程序，启动之后就有可能回到原先的世界，不启动程序就是留下来，选择如今这个普普通通的日常。
男主自然选择的回去，但没有立刻回到原先的世界，而是回到三年前的七夕。
TV第八话“竹叶狂想曲”，男主就来过这个时间，“约翰·史密斯”就是出自这里。
男主这次又回来，不过并没有去干涉过去的事情，首先见到的是朝比奈实玖瑠的大人版，也就是从未来穿越回来，已经成为大人的朝比奈实玖瑠。
跟大人版的朝比奈实玖瑠聊了聊，之后男主又去找了初中时候的凉宫春日，虽然没跟凉宫春日见面，但躲在暗处跟凉宫春日说了一句话，目的是要让凉宫春日将来去男主的那个学校。
再之后，男主去找了初中时候的长门有希。
从长门有希口中，男主得知了真相，原来幕后黑手就是长门有希自己。
经历过漫无止境的八月篇，加上别的一些原因，长门有希累了，所以窃取了凉宫春日的力量，将自己变成了普通人，将世界变成了普通的世界。
想要修正世界线，就要回到12月18日的晚上，在长门有希做出改变之后，再将那个长门有希变回来。
朝比奈实玖瑠带着男主回到三年后，12月18日的晚上。
一番挣扎之后，男主就要将长门有希变回来，只是，紧要关头，朝仓凉子冲了出来，像过去那样捅了男主一刀。
因为朝仓凉子是长门有希的守护者，不允许男主对长门有希做什么。
男主根本没预料到，倒在地上，鲜血不停地涌出来。
就在朝仓凉子准备再来一刀，将男主杀死的时候，被长门有希阻止。
之后，别的时间线的男主赶来，再之后，世界线被成功修正。
……
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