朱元璋心想，近半的缺口一定是被某些官员贪掉了，但总不至于贪污了上百万石粮食吧？其实，这完全是朱元璋在回避问了。不愿承认是因为自己制定的赋税额度太高，把底层百姓逼到了难以为继的地步！
在“郭桓案”爆发之前，“苏州知府”就曾经上报朝廷说过，江浙地区的赋税的确是太重了，百姓们也实在是受不了了。但朱元璋收到上奏后根本不听，反倒把“苏州知府”拉到苏州城上“砍头示众”来吓唬当地百姓。
当时赞同“苏州知府”观点的“户部尚书”滕德懋也被朱元璋以“盗取军粮十万石”为由直接腰斩。而滕德懋之妻王氏，也被朱元璋下令抓起来，让官府审问说：“你丈夫因盗取十万石军粮被杀，你有什么想说的？”
王氏说：“盗取军粮乃触犯国法之重罪，当然该死！但既然口口声声说我家老爷盗取十万石军粮？那为何不拿出一点来赡养家人呢？”于是，朱元璋听罢后追问：“那你吃的是什么？”王氏说：“我吃的是野菜。”
朱元璋大怒，立刻让人杀掉王氏，剖开肚皮，看看她到底吃的是什么？结果，最终发现王氏的胃里只有野菜。尽管朱元璋觉得杀滕德懋杀错了，但他依然固执地认为江南地区的粮食就如同海绵里的水，只要大力压榨，总是会有的。朱元璋认为之所以收不上来足额的税粮，就是因为“郭桓”这个贪污集团的存在！
因此，在整个“郭桓案”中被依法刑杀的人，有的史书记载是三万，但也有些史料记载是八万，至于具体数字到底是多少？连朱元璋本人也记不清了，他只能说：“系狱者数万尽皆拟罪。”足见此案杀戮之重！
不过，其中被杀得最多的并不是“官”，而是“吏”。在古代，“吏”只是官府里打杂的办事人员而已，又称为“小吏”、“吏员”，相当于后世公务员之“科员”和“乡级”以下干部，小到没有品秩，没资格享受朝廷奉碌，但却承受着上级领导（县官）们派发的任务，因此手中有一定的权利，能合情合理地压榨和剥削老百姓。
朱元璋之所以大开杀戒且主要刑杀中央六部官员和各地小吏，而不是刻意刑杀地方的中下层官员，是因为若把各地官员也杀光了，那还有谁来替他维护各地的封建统治？国家也无法运转，至少没人办案了。
所以，整个“郭桓案”中，被杀的其实绝大多数都是以“富户”为代表的所谓“普通老百姓”，因为他们与各地“县令”（“知县”）、“州府”（“知州”）等官员串通一气，凭借自己“乡绅豪族”的身份，拿着鸡毛当令箭去行驶“官府小吏”的职权，将朝廷的巨量税收往社会底层的贫苦百姓身上转嫁，逼得百姓走投无路而暴动。
结果，这一通瞒上欺下的操作下来，让朱元璋大怒，一声令下导致数万人入狱受刑后被杀，百余万人被没收财产后遭到流放，比如把南方人流放到东北地区，把北方人流放到岭南琼岛，江浙人则被流放到西域，而陕甘宁边区的犯人尤其是“西番”（青海）者，则被流放到东海岛屿如“琉球”、“东番”（台湾岛）上。
其实，朱元璋办理“郭桓案”从表面上看起来透露出一种“天真”和“可笑”，看似以为朱元璋坚持认为“六部”官员集体贪污腐败，必须将其“脏银”（赃款）全部搜刮出来，实际上是通过打击官僚系统来巩固皇权。
并且，老谋深算的朱元璋坚持“责任追究制度”，比如是“布政司”的责任就抓“布政使”（省长），然后接着问“脏银从哪里来的？”于是，就这么一层层追问下去，最终指向了老百姓中的“富户”（“乡绅地主”），相当于后世的所谓“中产阶级”。这下，朱元璋放心了，因为他在立国之初就制订的所谓“粮长制度”起作用了。
这所谓的“粮长制度”其实就是一个“损人利己的圈套”，只是方便朱元璋在需要时，将对方全部收割而已。为何这么说？因为在洪武四年（西元1371年），朱元璋在直隶南京、江浙地区、湖广地区、两广地区、福建地区（包括台湾岛）实行了“粮长制度”，以石粮食的年税收收入来划分区域，便于征粮。
当时，每个区域都必须找一人来当“粮长”（相当于后世“乡长”），另找俩“大户”来当“副粮长”，协助“粮长”征粮，以完成朝廷下发给当地官府尤其是各地县衙的征税任务。“粮长”的任务就是负责每个区域的“税粮征收”（交公粮）和运输“税粮”，但朝廷不会给这些“小吏”们发“俸禄”（工资），只能自己想办法去解决。
对于这些基层小吏来说，朝廷不给自己发工资，也没有任何活动经费，那可怎么办？能罢工么？那就等着被杀头吧！不过，凡事都有两面性，因为“粮长”作为后世的“乡级干部”，跟“县令”（“县长”）这样的“小品芝麻官”多少有些“裙带关系”。于是，“拿着鸡毛当令箭”就顺理成章了，而索拿卡要自然合情合理合法。
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