随着光明教军被夏王的精兵彻底击败，光明神教教主带着一干高层，准备隐匿起来，韬光养晦，等待东山再起。
但是早就被光明神教给压制了数十年之久的术道宗派，终于找到了发泄口，他们纷纷组织起来，形成了一个临时的联盟，共同围剿鼠窜的光明神教高层，当然了，这里面也有九龙内卫的暗中操控和怂恿，不过光明神教自己也是恶贯满盈，终有此劫。当时足足有四十多个宗派，联手将光明神教的高层追杀围剿在渭州、秦州一带的天都山脉里。
若是放在平时，那些宗派还真不敢对付光明神教的人，毕竟光明神教是自万邪血难后，最为厉害，最是凶狠的一股宗派势力了，教内高手如云，精锐如海，如果是平常时候，即使是这四十多宗派的联手，也不过是给光明神教添了一道饭后的甜点罢了，可是如今光明神教的精锐尽失，只剩下一些幸存的高层，所以他们全都站了出来。
为了能够让那些没有经过实战的教民，更好地发挥战力，光明神教将那些精锐战力，大部分都分散到各个部队之中，负责指挥控制。只可惜谁也没有想到，夏太祖会如此有魄力，居然敢冒着京师老巢可能被人端掉的风险，带着九万精兵，赶来镇压光明神教的造反。这等魄力，即使是孤注一掷，决心造反的光明神教的教主，都有些不敢相信。
面对着夏太祖身经百战的九万精兵，号称四十万的光明教军如同纸糊的老虎，被瞬间戳烂，四十万军队被九万夏军打得几乎全军覆没，光明神教的八大铁卫基本全部被灭，中下层的骨干遭到毁灭性的打击。就连光明教主的三百人的亲卫队，都被搭进去了，只剩下了光明教主和他的部分亲信，见机的快，逃跑离开了。
不过现在他们也没办法逃离了，四十多个宗派，将近千余名术道高手，将天都山的各大出口全部封锁得死死的，而且一旦发现敌情，立刻以特制的灵符联络，可以说是包围得异常严密。光明教主和他的亲信在天都山的绝光峰，与联盟的高手决一死战。光明教主到底是一方枭雄，他力战六大圣贤，杀二，重伤二，还废掉一人，最终被人乱刀砍为肉酱，惨死当场。而他的亲信们，除了被九龙内卫故意放走的吴不朽之外，就都全部被杀，原本凶名一时的光明神教便消失在了历史的长河之中。
在光明教主被乱刀斩杀，其残党也几乎被一网打尽之后，原本就是临时的联盟，立刻土崩瓦解，那些宗派为了争抢光明神教留下的地盘，原本上一刻还在精诚合作的两个门派，可能下一刻便刀兵相向，剑拔弩张。而且九龙内卫也有意挑拨这些宗派不合，让吴不朽的逃离显得更加不显眼。为了让吴不朽有实力能够真正的东山再起，九龙内卫还给留下了半部《光明神典》。而吴不朽也非常“争气”，带着那半部秘典，从此便消失在了术道之中，直到十年后再度出现，再度在术道掀起了腥风血雨。
当时吴不朽神功大成时，只有两三人陪在他的身边，那时若有人能够出手，恐怕也不会有现在的黑莲教，可是九龙内卫为了能够有插手术道的借口，故意在初期暗地里为吴不朽提供保护，甚至必要时，还会给提供各种便利的支持。可是谁也没有想到，黑莲教会发展得如此之快，等到九龙内卫的高层注意到时，事态已经不可控制了。
黑莲教已经如同瘟疫一般，在诸多道府州县扩散开来，而且比起张扬的光明神教，他们更加隐秘。更重要的是，光明神教是大肆拉拢收纳贫苦百姓入教，而黑莲教则将重点放在了富商乡绅和官员身上，他们利用各种手段，拉拢策反蛊惑地方的富商乡绅入教，并腐化各层官员，下到地方的胥吏，上到内阁六部，都有他们的人。这样一来，九龙内卫可谓是投鼠忌器，因为即使为皇权服务的九龙内卫，想要打击黑莲教，也必须要有地方和官员们的支持，否则会处处受制。
到了上任魁首当上冯家家主之时，黑莲教的明面势力，已经不比九龙内卫逊色多少了。而且九龙内卫也面临着朝廷和皇室的不信任的问题，行动大大受到限制。
当初夏太祖能剿灭带有大量光明术士的叛军，正是因为接纳了九龙内卫，得到了大量术士的帮助，才能够剿灭掉有着大量邪道高手助阵的光明叛军。而在那之后，九龙内卫更是帮助夏太祖剿灭了无数邪教，对付了无数敌对势力的术士。在南征江南两淮时，镇压了绰号“水仙”，有着淮王支持的太平宗。平定荆湘时，灭掉了当地盘踞已久的排竹教。在收复西南时，对抗南方巫门中，效力于成王的巫蛊教。
而九龙内卫最为出名的两战，莫过于对抗西厉欢喜宗和天狼帝国的萨满教。夏太祖征服南方绝大部分地区后，开始朝着西北和辽东开拔，首先要做的便是攻下当时已经投靠西厉的灵王的西北五州。作为当时各地中势力最小的灵王，他见到夏太祖称帝并成功拿下中原和大半个南方之后，便知道对方的下一个目标不是自己，便是辽东。于是灵王非常干脆地降了西厉，而西厉也派来了十万精锐和欢喜宗的大批高手，协助灵王。
西厉国中密宗是国教，而欢喜宗这个脱胎于密宗的邪门宗派，一直被打击压制，可是密宗并不愿意过多地参与对抗敌国的战争中。而此时西厉皇室便暗中联系上了欢喜宗，提出给予其庇护的条件，换取欢喜宗对皇室的效力。而欢喜宗虽说逍遥自在惯了，可是披着官衣去作恶，显然也是个不小的诱惑。再加上密宗对他们的镇压，一年比一年严苛，所以欢喜宗的大喇嘛和西厉皇室一拍即合，立刻成了对抗大夏军的马前卒。
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