起义军的领袖方腊其实并非一线劳工，相反还算是个小富家庭，在当地开办有漆园，日子过得比较富足。
但自从花石纲开始之后，各地应奉局巧立名目巧取豪夺，给方腊的漆园摊派了很多任务还不给钱，时间长了，地主家的羊也被薅秃了，方腊眼见自己和两浙一带其他百姓惨遭盘剥民不聊生，干脆反了吧。
方腊是个很聪明的起义军领袖，为了加强起义军的凝聚力，他在起义一开始就引入了宗教的色彩，我们知道古往今来但凡农民起义能够做大的很多都有宗教的参与，黄巾军的太平道教、朱元璋的明教、太平天国的拜上帝教，就连北宋仁宗朝的贝州王则起义也搞了个弥勒教来团结教众。
方腊利用摩尼教来聚集起义民众，以讨伐朱勔为口号起兵以后，附近州县苦难民众纷纷归附，起义军短短数月间就发展到十几万人，连下衢州、信州、婺州、处州等州县。到了宣和二年十一月，方腊先后击败两浙路守军蔡遵、颜坦所部，歼灭宋军数千人，气势大盛，方腊趁机宣布自立为“圣公”，废除宋徽宗宣和年号，改元永乐。
东南的局势急速恶化，但战报送到开封，王黼却截而不报，在他看来方腊不过一小撮反贼能蹦跶起来多大的水花？没必要为了这点儿小事儿去给徽宗添堵。
宣和二年十二月，方腊亲率义军攻陷杭州府，王黼知道再瞒下去自己搞不好要掉脑袋，只好向徽宗汇报了东南的局势。
正在盘算着怎么收复幽云的徽宗一听说东南大乱，连杭州都丢了的消息后大为恐慌，没想到东南守军这么不经打，连忙下令关停了江南各州县的应奉局，停止花石纲并且罢免了朱勔父子的官职，接着派前线官员去诏安，只要方腊肯投降，条件好说。
势不可挡的方腊起义军根本不理会朝廷的诏安，现在知道关停应奉局，知道不搞花石纲了，早干嘛去了？接着拿下歙州，全歼当地守军郭师中部。
徽宗急了，再这么打下去半壁江山没了，急忙把童贯找过来，童公公你赶紧领兵南下平叛去吧。
接到命令的童贯非常为难，因为宣和二年年底已经是宋金两国海上之盟约定的出兵攻辽最后期限，金军当时已经开打，连辽国上京都已经拿下了，按照这个速度宋军如果再不出兵，金军怕是秋风扫落叶席卷辽国全境，到时候幽云十六州落到金国手中想再要回来就难了。
但东南方面局势恶化实在太快，再不去救火怕是要打进开封给徽宗连锅端掉，这时候徽宗也顾不上幽云十六州了，北宋上下能打的只剩童贯手里的这支西军，你不去谁去？
无奈的童公公只好走马上任远赴东南，临行前徽宗为了表示重视亲自为童贯践行并且告诉童贯，这次去东南平叛一切以你为主，关键时刻如有需要可以代行御笔，以皇帝名义下诏。
宣和三年正月，童贯领禁军西军总计十五万出征，当时方腊部将方七佛率军六万正在攻打秀州（今浙江嘉兴市），守军苦苦支撑中童贯先头部队赶到，宋军里应外合把方腊军打了个措手不及，首战告捷。
先头部队接着追击方腊其他部众，后面童贯率主力到达镇江，到了之后童贯发现当地百姓对花石纲怨声载道，为了安抚百姓，童贯还真就以徽宗的名义下了一封罪己诏，并且严肃诏令当地官员，今后有敢再重启应奉局、花石纲的，以抗旨论处。
诏令一下，受到百姓大力拥护，效果出奇的好。接着童贯分兵两路进讨，一路由王禀率领，从东路进军杭州；一路由刘延庆率领，从西路进军宣州（今安徽宁国市）。
在童贯派出的东路军和西路军中，分别各有一位今后中兴四将，即西北战场成名已久的韩世忠和刘延庆儿子刘光世，而且在这次平叛中，两人都已成长了起来，独当一面。
东路军正月底打到杭州城北的一处名叫清河堰的地方，方腊军在此驻守重兵严阵以待，东路军先锋王渊来到之后不敢大意，安排部下先进攻诈败，然后将方腊军引出来之后再打。第二天韩世忠领命挑战方腊军然后诈败，对方果然中计，韩世忠诱敌深入埋伏圈之后宋军强弩齐发，韩世忠率军回击，方腊军大败，然后宋军全军进攻，经过六日全歼杭州方腊军。
东路军收复杭州，西路军也没有歇着，三月中旬先是在泾县击败方腊部将八大王所部，接着收复宁国，再接下来又收复歙州。
两路宋军毕竟北宋最能打的精锐部队，一个月下来已经收复了两浙路北部方腊占据的州县，方腊从两浙路南部率主力北上救援，打了几场败仗之后接连退守，最后被宋军围堵在了青溪县的帮源峒。
被逼到绝路，方腊起义军爆发出了最后的战斗力，当时方腊部众携家带口的退到帮源峒，上上下下总共二十多万人，战斗开始后，帮源峒各洞之间分散，宋军也不知道方腊本人到底在哪个洞中，一时之间拿方腊毫无办法。
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