但是不管三联流行版，还是最开始的连载版，里边很多角色的年龄问题、部分重要事情的发生发展顺序都有一些混乱矛盾。
尤其最不能忍受的是，男主角郭靖跟女主角黄蓉的年龄大悖论！按照书中开始所说，郭靖18时，遇到黄蓉15，郭比黄大3岁，所以满口“靖哥哥”，但是根据书中其他相关情节可以轻易推算出来，黄蓉至少要比郭靖大10岁，简直就是怪阿姨的存在！
因此金庸老爷子在2001年至2002年期间，结合众多资深金迷的意见和建议，重新修订《射雕》，称为新修版，也叫世纪修订版。
这一版本对书中年代、人物年龄、事迹先后等细节纠正很多，周伯通的年龄、江南七怪的年龄范围都有微调，也合理解决了郭靖、黄蓉的年龄问题，还对黄药师众弟子年龄和关系重新改写：曲灵风变成了大弟子、梅超风出场时由流行版“四十来岁”年纪年轻至“二十多岁”……
除此之外，还给了黄药师一段家族身世，并对九阴作出解释，按易经，阳为奇数，阴为偶数，所以《九阴真经》的最高境界应为阴阳相容、刚柔相济。而书的结尾处，郭靖与黄蓉镇守的襄阳城变成了更加合理的青州城，直到《神雕》故事开始前才退守到襄阳……
邓铮费了整整三天时间，用脑中引擎将三个版本认真比对研读了几遍，最后决定采用世纪新修版的《射雕》！
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