不同于标准的星舰，鱼龙号控制台每一个组件安装后，都要在鱼龙的神经系统内为它安排角色。这个信息的嵌入需要艾瑞克斯的脑控体参与，缺了他不行，因此艾瑞克斯干脆就没让兵马俑过来干活儿，直接自己全包圆了。这个“嵌入”主要是为了让鱼龙适应艾瑞克斯的脑波模式，建立如同双胞胎心灵感应一样的默契。尽管使用了脑池的技术，但鱼龙的神经系统毕竟不是艾瑞克斯的克隆脑，无法直接进行意识和记忆转移，磨合是少不了的。
好在鱼龙号毕竟是个星舰，各个系统上也都有程序在跑，它的脑子也在工作，所以并不需要磨合得如同一个人似的，更不需要一次到位。艾瑞克斯安装控制台，用自己的大脑来解释这些控制台的作用，逐个在鱼龙号的大脑里建立对应身体控制的记忆。他就好比在这里充当父母，教会小孩子如何抓东西、如何吃饭、如何迈开小短腿开始行走。
只有对整个星舰各个系统都非常了解的人才能做这件事，了解越深刻，效率就越快。每一个模块插入标准接口后，艾瑞克斯都要将它和自己后脑勺的脑控体连接起来，然后用通讯中枢功能与鱼龙进行连接。
起初，巨大的鱼龙不能理解发生了什么事情。一个陌生的声音在自己脑袋里说着古怪的语言，这种场景就像活见鬼一样。它张开嘴巴，发出呜呜哎哎的颤音，用这种方法来疏解害怕的心情。ZTFD在这种情况下自动介入，控制着鱼龙的运动系统，不让它做出控制之外的突然移动，然后消除它想要做这种移动的精神需求。从这个角度看，鱼龙总是活在半梦半醒之间。
艾瑞克斯要做的事情与ZTFD正相反，他要唤醒鱼龙，条件是鱼龙允许艾瑞克斯对一同控制控制它的身体。在神经网络中，艾瑞克斯不断建立控制台命令与鱼龙身体状态的对应关系，用大量、快速、短促的重复为鱼龙补充它缺少的条件反射。
一个组件、又一个组件，每个组件都有其侧重，艾瑞克斯也要相应地改变行动模式，直到五个组件全部完成安装，成为一个完整的控制台，还有一个配套的总控座位。从功能上说，这个座位是给脑部控制员预留的，脑控员并不一定就是舰长。鱼龙号和艾瑞克斯是特殊的，整艘生物星舰只需要鱼龙、艾瑞克斯和研究员人工智能就可以运行起来。
舱内的设计延循了地球·环盟的审美风格，黑色的墙壁地板配的是白色的各种设备，形成强烈的对比。艾瑞克斯做了一点改动，他的座椅是肉红色的，有银色金属质感的镶边，象征着生物和机器在这里完成了融合。
脑控员和舰长的身份合一，艾瑞克斯进入座椅并向后倚靠的时候，暗藏的脑控体通讯与冷却模块准确托住他的脖颈，一切都恰到好处。他缓缓闭上眼睛，随后便沉入克总空间。
自从掌握元粒体之后，克总空间就有了船舱的造型。这一次实际接入鱼龙号，克总空间的船舱便随之调整。艾瑞克斯依旧坐在一模一样的肉红色银边舰长椅上，面前也是四个操控台，只不过控制台前面的地面上多了“造化”两个显眼的大字。
“启动！”艾瑞克斯将手掌放在控制台的六指轮廓上，克总空间内外的完成了同样的动作。鱼龙号本身一直活着，ZTFD也在工作中，这里启动的是舰桥。
---主控系统缺失，请按照说明进行安装。---
控制系统就在艾瑞克斯的脑子里，来自星舰资料库，属于软件系统的一部分。本来这项工作可以由核心舱的系统向鱼龙号的控制台进行输入，不过艾瑞克斯更喜欢干干净净的新系统，不仅能避免历史累积错误和人工智能的影响，他也可以做出一些个性化的改变。
---系统载入成功，开始初始化……初始化完成，接管控制台，开始建立总线控制网络。发现标准接口总线，发现星舰。请输入星舰参数。---
控制系统要了解星舰才能发挥作用，这又需要艾瑞克斯去教，把这艘生物星舰方方面面的功能都输入控制系统，包括它的设计图、建造方法、维护方法以及最重要的使用方法。其中大部分内容都来自星舰资料库，但也有相当一部分是艾瑞克斯东拼西凑，集各个文明生物星舰的长处，然后再与实际情况相结合，做出的特色改进。
将脑子里的这些信息输入系统，艾瑞克斯以后就不用总是记着它们了。鱼龙的生物大脑以及鱼龙号的系统都有存档，结合使用神经网络与脑控体的程序读取，这些资料就和放在他的大脑中是基本一样的效果。到了这个时候，艾瑞克斯已经完全掌握了鱼龙号的系统底层，确立了绝对控制的权限。
很快，鱼龙就“理解和掌握”了身体中新出现的这些未知，恐惧感随之消失。巨大的鱼龙用力打了一个呵欠，终于可以放心睡上一觉，就像回到母亲怀抱的宝宝一样。艾瑞克斯的活儿仍旧没完，他退出克总空间，回到核心舱。
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