里面的成员也并不固定，一切听从皇帝的批准，里面有太监有宫女，有文官有武将，不在乎身份。
而各个军机大臣之间地位相同，遇事投票解决，避免了诸多麻烦。
因为正德对于玩乐的兴趣更大，所以军机房一成立，就立刻成为了朝廷的中枢所在。
由于军机房就位于豹房附近，天子如果有异议，随时都可以干预，所以正德很快就发现这样的模式很好的保证了他对于政权的控制。
又由于司礼监和内阁同时存在于军机房，几乎他们一有结论，就立刻可以发出圣旨。所以只用了几天时间，七位军机大臣就发现这样的模式比原来的方式显得有效率多了，而且矛盾也少多了，遇事大家有商有量，如果争议太大就停顿一些时日，比这两年打来打去好多了。
军机房是和谐了，科道们就不乐意了，大明讲究大小相制，军机房各位大佬有商有量，那他们就显得无足轻重了。
另外这些人眼睁睁的看着焦芳张彩这些刘瑾的同党虽然权力小了些，但是还待在朝廷中继续作威作福，而他们这些拼杀在前，险死还生的正道清流却被占了坑位，真是是可忍孰不可忍。
所以南京科道官员首先发动了试探『性』的进攻，面对他们对于刘瑾的弹劾，军机房通过了张超的意见，上书的弹劾奏折留中，上书官员改任他职，在圣旨中，军机房重申了皇帝对于刘瑾的圣旨，刘瑾是积劳成疾病死宫中，不允许大臣胡『乱』猜疑，以讹传讹。
正德听到了军机房的意见后，十分高兴，这样的军机房比内阁听话多了。
但是北京的科道官员知道后，那是怒火万丈，这不是睁着眼说瞎话吗，咱们绝不能容忍，所以弹劾刘瑾的声浪越来越大。
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