不过，不同的个人所得税征纳方式与激发纳税人权利意识的觉醒密切相关。代扣代缴被学者称为“完全隐性”税收课征方式，使一笔收入在到达其可能的主人之前就被扣除了。布坎南指出，“如果个人在支出之前并没有得到收入，那他是不会像在得到收入以后再把它支付出去那样‘意识’到公共服务的成本的。”相较于代扣代缴，自行纳税申报更容易激发纳税人的公共权利意识。“权威的认知心理学发现表明个体认为对于属其所有的东西还要付钱所遭受的负效用较之仅仅是首先没有收到等量数额的款项而言要多一些。”“个人所得税自行纳税申报制度使得部分纳税人直接履行纳税申报的程序性义务，使得这部分纳税人真切地感受到国家税权的存在，感受到自己作为纳税人的存在。进行申报的纳税人将非常直观地感受到自己为国家所做出的贡献，也会对纳税人所享有的权利给予高度的重视和关注。”在美国，纳税申报体现了对纳税人权的尊重，使纳税人权利意识得以显着增强，以纳税人的名义监督政府、问责政府，在美国成为极其平常普通的现象。如果不是每年参与纳税的过程，纳税人不会如此深切地认识到国帑收入源于自己缴纳的税款，也不会如此密切关注政府开支的合理性。正是这样，现代税法的一般纳税程序是纳税申报，而源泉征收属于特别纳税程序。过分倚重代扣代缴只看到公民纳税意识普遍较低的现状制约着税收征管模式的选择，没有看到这也是造成纳税意识普遍较低的原因之一。
长期以来，我国个人所得税在分类所得税制框架下主要采取代扣代缴的征纳方式，源泉扣税意味着纳税人获得的自然是完税的或税后收入，代扣代缴意味着纳税人没有申报纳税的必要。因此，扣缴义务人事实上在纳税人与其应履行的纳税义务之间形成了一个隔离层。这对个人所得税激发权利意识的功能发挥构成障碍，难以培养出纳税人的公民意识，也对税务机关漠视纳税人知情权等产生影响。由于我国长期实行代扣代缴个人所得税的征收方式，绝大多数的纳税人并不知道自己具体何时缴税、缴税几何、税款计算准确与否。按照我国《税收征收管理法》的规定，扣缴义务人在应扣缴而未扣缴或扣缴不足时将被课以罚款，但不能对纳税人追究法律责任。而个人所得税自行纳税申报确立并强化了纳税人的申报义务和法律责任，纳税人必须自己申报应税收入、计算应纳税额，并以纳税申报书或申报表的形式提交税务机关，被动或主动了解税收政策和制度，密切关注税收制度和政策变动对切身利益的影响，利用税法为自己的税收筹划服务，争取更多利益，进而通过一定的民主机制对税收政策形成广泛的约束，形成税制日趋成熟与公民自觉纳税相互促进的势态。
纳税人自行申报纳税制度在我国1993年《税收征收管理法》初次颁布之时即被确立。1995年国家税务总局制定的《个人所得税自行申报纳税暂行办法》虽然对此予以了细化，但法条粗疏的状态并未得到彻底改观，实际执行也大打折扣，与真正意义上的纳税人自行申报和确定纳税义务的民主纳税理念尚存在较大的差距。2006年，国家税务总局制定了《个人所得税自行纳税申报办法（试行）》规定，年所得12万元以上者，从中国境内两处或者两处以上取得薪资所得者，从中国境外取得所得者，取得应税所得而缺乏代缴代扣渠道者，均须自行办理纳税申报。该规定明确了须向税务机关进行自行申报纳税的具体情形，在本质上是有的放矢引导重点税源的报告制度，是致力于个人所得税制度跳出代扣代缴的制度框架的改革尝试，由以往代扣代缴的单一渠道变为代扣代缴加自行申报的双重渠道，有助于利用税制本身的功能由外及内激发个人所得税纳税人的权利意识。但自行申报单纯依靠纳税人自身的道德觉悟、自我约束来实现可以说肯定是不够的。
《个人所得税自行纳税申报办法（试行）》缺乏通过费用扣除、获得退税等利益机制诱导纳税人主动申报的制度设计，制约了此次个人所得税以源泉扣缴为主、自行申报为辅的模式税制改革效果。从纳税人角度视之，一旦纳税人产生应税收入，税款的计征即由扣缴义务人通过源泉扣缴代为执行，纳税人所得皆为完税收入，纳税义务即已履行。在分类所得税体制下，纳税人不存在综合抵扣问题，只要每次足额缴纳就不存在退税的问题，纳税人在次年重新自行申报只有补税的选择，绝无退税的可能，使自行申报纳税应有的激励机制黯然不彰。与此同时，“双轨制”本身也陷入了计税、缴税与自行报税互不搭界、各行其道的尴尬境地：一方面，纳税人的应纳税款，仍由各类收入的支付人或扣缴义务人代为扣缴计征；另一方面，除非存在无扣缴义务人或扣缴不实的收入项目，纳税人按综合口径自行归集并申报的收入和纳税信息，并不作为税务机关重新核定税款并实行汇算清缴的依据。自行申报与代扣代缴两个渠道彼此脱节，至少在形式上使自行申报对纳税人而言表现为额外且无效的负担，纳税人自行申报的积极性不高甚至基本没有积极性便不卜而知。
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