内战爆发后，恺撒迅速采取行动，巩固自己的势力。他任命盖乌斯·斯克里伯尼乌斯·库里奥为将领，派其前往北非对付那里的庞培党人和与庞培结盟的努米底亚国王祖巴一世。前49年，库里奥率军占领了西西里，同年八月份率军登陆北非，赢得了乌提卡战役。然而，在随后的巴格拉达斯河战役中，库里奥不幸阵亡，这对恺撒的北非战线造成了一定的损失。
攻占罗马后，恺撒决定首先歼灭庞培留在西班牙的主力（7个军团），以确保后方的安全和掌握战略主动权。他率领6个军团进军西班牙，在伊莱尔达战役中取得胜利。失去首领的庞培军团未作认真抵抗即缴械投降，恺撒顺利占领了整个西班牙。同期，恺撒的部将德西乌斯·布鲁图斯和特雷波尼乌斯在马西利亚之围中获胜，攻克了与庞培派合作的马萨利亚。
随即，恺撒率军进军希腊。在都拉基乌姆战役中，恺撒一度战败，但他迅速调整战术，在公元前48年的法萨罗之战中彻底击败了庞培。庞培逃往埃及，希望能得到托勒密十三世的支持，但埃及人为了取悦恺撒，刺杀了庞培并将他的头颅献给恺撒。恺撒宣布埃及王位由托勒密十三世与他的姐姐克利奥佩特拉（即埃及艳后）共同掌管。这一决定引起了埃及人的不满，导致亚历山大战役的爆发。
恺撒带领第六军团加上援军，彻底击败了埃及军队（亚历山大港战役）。托勒密十三世在战斗中阵亡，克利奥佩特拉成功登上了埃及王位。在这场战役中，恺撒的士兵发射的火箭意外命中了亚历山大城的大图书馆，导致60多万本书籍毁于一旦。战役结束后，恺撒与克利奥佩特拉进行了为期两个月的尼罗河之旅，随后征讨破坏与罗马之间协约的本都王国，在泽拉之战中取得胜利，留下了“我来，我看，我征服”（Veni, Vidi, Vici）的豪言壮语。
公元前46年，恺撒回到罗马后，召集军队继续追击逃至北非与努米底亚王犹巴结成同盟的庞培余党。在拉斯皮纳战役中，恺撒一度败给昆塔斯·拉宾努斯，但在塔尔索斯会战（塔普苏斯之战）中取得了完全的胜利。随后，恺撒回到罗马，举行了长达十天的凯旋式，庆祝他的军事胜利。
回到罗马后，恺撒推动了一系列改革，包括给予北意大利和西西里岛人民罗马公民权、请专家制作儒略历、建立和平广场等。这些改革不仅巩固了他的统治，还为罗马帝国的建立奠定了基础。
公元前45年，庞培的两个儿子逃到西班牙发动叛乱。恺撒再次远征西班牙，在阿特瓜战役和孟达之战中击败了叛军。庞培的长子劳斯阵亡，次子小庞培流亡西西里。恺撒回国后，于公元前44年宣布成为终生独裁官，标志着他权力的顶峰。
五、凯撒之死
公元前44年，盖乌斯·尤利乌斯·恺撒的权力达到了顶峰。为了拯救在卡莱会战中被俘虏的9000名罗马士兵，恺撒宣布将远征帕提亚。然而，这一决定加剧了共和派议员的不安，尤其是当占卜师声称“只有王者才能征服帕提亚”时，他们更加确信恺撒最终会称王。这种担忧在公元前44年2月的一次典礼上达到了顶点。当时，执政官安东尼将花环献给恺撒，并称呼他为“王”。虽然恺撒当众拒绝了这一称号，但反恺撒一派的恐惧感却进一步加深，他们开始密谋刺杀恺撒。
参与反对恺撒的阴谋大约有60多人，其中主要的策划者包括该尤斯·卡西乌斯、马可斯·布鲁图斯和德基摩斯·布鲁图斯。这些人自称“解放者”（Liberators），并在刺杀恺撒前多次秘密会面。卡西乌斯告诉他们，如果计划暴露，他们必须自杀以保护同伙。
公元前44年3月15日，也就是着名的“伊达斯”（Ides of March），一群元老邀请恺撒到元老院去读一份陈情书。这封陈情书实际上是假的，目的是诱使恺撒前往元老院。当马克·安东尼从一个叫作卡斯卡的解放者那里得知这一计划后，他急忙赶到元老院的阶梯上，试图阻止恺撒。然而，参与预谋的元老们在庞培兴建的剧院前先找到了恺撒，将他领到了剧院的东门廊。
在元老院，恺撒开始阅读那封假的陈情书。突然，卡斯卡将恺撒的外套拉开，用刀刺向他的脖子。恺撒警觉到卡斯卡，转过身抓住卡斯卡的手，用拉丁语质问：“恶人卡斯卡，你在做什么？”被吓到的卡斯卡转向其他元老，用希腊语呼喊：“兄弟们，帮我！”瞬间，包括布鲁图斯在内的所有人都开始刺向恺撒。恺撒试图逃脱，但因失血过多而视线模糊，最终摔倒在地。这些人在他倒在地上的时候将他杀害。根据史学家尤特罗匹斯（Eutropius）的说法，当时有60多人参与了这次谋杀。
刺杀成功后，阴谋者本想将恺撒的尸体投入台伯河，但因惧怕执政官马克·安东尼和骑兵长官雷必达的报复而未能得逞。恺撒的遗体最终被运回罗马，安放在市场上。
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