最后，异种生命体统称数码宝贝，直到数码世界危机的诞生，数码宝贝和数码世界就此出现在人类眼中。之后，数码宝贝又出现了几个不同的名字，如:数码暴龙、数码精灵、数码兽之类的。
人类有一种神奇的力量能让数码宝贝快速进化。这种力量被称为心灵之力。
人类本身复杂多变，美好面的心灵力量除了能让数码宝贝正常进化，但人类的负面能量却是会让数码宝贝走上错误的进化道路，错误进化的数码宝贝除了杀戮不在有其它想法，破坏周围的一切，直到力量耗尽。
为了不让数码宝贝走入错误的进化道路，危害数码世界和人类世界，所以选择人群就集中到了心灵纯净的小孩子中。
由于人类与数码宝贝不同种族，无法沟通，所以借助神的力量集中的这些能让数码宝贝正确进化的正能量，特别制作了能让数码宝贝和人类沟通与进化的神圣计划！
而这些正能量都是人类的正直面、美好面。
即勇敢、友情、爱心、纯真、诚实、知识、希望、光明，还有一条特殊进化路线:温柔！
随着数码宝贝与人类的接触，当有一天数码宝贝和人类之间沟通没有了障碍，更多的问题和危机接踵而来。
数码世界的危机由人类出手结束，但新的危机又从人类这里开始…
人类与数码宝贝的过分接触导致数码世界与人类世界的空间壁变得薄弱，最后人类世界竟然与数码世界开始融合。而融合的结局只有一个。
“两个世界同时毁灭！”
而数码世界的神最后的决定是:毁灭人类世界，拯救数码世界。
最后关头，人类本身竟然又诞生出一种新的力量。数码之魂！
借助这种力量，人类世界与数码世界安然度过难关。
但由于人类的这种不可预料与无法估计，比之原来的数码世界更加危险，数码世界的神决定永久关闭人类世界通往数码世界的大门。
但关闭数码世界与人类世界的大门就能解决问题吗？
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