然而，平静并未持续太久。启程和程彤彤在一次对黑暗物质的后续研究中发现，这种物质的来源竟是另一个平行宇宙中的邪恶文明蓄意为之。这个邪恶文明妄图通过黑暗物质侵略其他宇宙，扩张自己的领地。
他们立刻将此事告知两个文明的高层。双方决定联手打造一个超大型的防护屏障，抵御黑暗物质的进一步入侵。在建造过程中，启程和程彤彤深入钻研两个文明的科技结合方式，克服了重重困难。
就在防护屏障即将建成之时，邪恶文明察觉到了他们的计划，派遣战舰前来破坏。两大文明的联军奋起抵抗，启程和程彤彤更是身先士卒。他们巧妙地运用所学知识，干扰敌方战舰的能源系统，使其战斗力大打折扣。
最终，防护屏障成功建立，联军也击退了邪恶文明的进攻。此次事件过后，更多的宇宙文明知晓了这件事，纷纷加入到防范邪恶文明的阵营中来，而启程和程彤彤继续携手探索宇宙，维护宇宙和平。在探索的旅途中，启程和程彤彤收到了一个求救信号，来自一个偏僻星系中的小型文明。抵达后发现，这个文明正被一种奇异的精神力所困扰，居民们陷入疯狂与恐惧之中。
启程和程彤彤决定深入调查。他们发现这种精神力源于一颗古老陨石中的神秘生物。这生物形似水母，透明而虚幻，能释放干扰脑电波的脉冲。
为了对付它，他们尝试用和平使者号上的精神护盾装置来反向捕捉这个生物。在一番斗智斗勇后，终于成功将其困住。
随后，他们研究出将这生物送回其原生维度的方法。在送别这个生物时，程彤彤感受到它传来一丝感激之意。
完成此事后，启程和程彤彤继续踏上旅程。他们知道，宇宙如此广阔，还有无数文明等待着他们去守护，而每一次挑战都会让他们变得更强，离维护宇宙真正的和平更进一步。
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