长安城的日子并不比齐州安稳。李元吉住进齐王府的第三个月，就传出他与太子李建成在府中私藏甲士的流言。有次李世民路过齐王府，听见里面传来金铁交鸣之声，推门进去，见李元吉正光着膀子与十几个蒙面人比试剑法。那些人身手矫健，招式狠辣，绝非寻常府兵。李元吉见他进来，非但不收敛，反而提剑笑道：“二哥要不要来玩玩？这些都是我从突厥招来的勇士。” 李世民盯着他手里的剑，那剑鞘上镶嵌着七颗绿宝石，正是去年西域进贡的珍品，本该在国库之中。他没说什么，转身离去时，听见身后传来李元吉的嗤笑声：“还是二哥胆子小。”
武德四年征讨窦建德时，李元吉作为侧翼率军屯驻洛阳城外。夜里他嫌军营沉闷，竟带着亲兵溜到邙山脚下的村子里抢了个民女。那女子是当地秀才的女儿，性子刚烈，被掳到营中后用发簪划破了李元吉的脸。李元吉勃然大怒，要将她拖出去斩了，却被随军的记室劝阻。那记室说：“大王此举若传出去，恐伤民心。” 李元吉却一脚踹翻案几，骂道：“老子杀个民女，跟踩死只蚂蚁有何区别？” 最后还是将那女子赏给了帐下的偏将，只是那偏将第二天就被发现吊死在营门口，舌头伸得老长，脸上带着惊恐的神色，没人敢问是怎么回事。
洛阳城破后，李世民在府中宴请诸将，李元吉喝到半醉，突然提出要与尉迟恭比试槊法。尉迟恭是员猛将，手中的马槊使得出神入化，见齐王要比，忙推辞说：“臣的槊上有刃，恐伤了大王。” 李元吉却非要比，还说可以去掉槊刃。两人交手时，尉迟恭故意处处退让，可李元吉却步步紧逼，最后竟偷偷在槊杆里藏了尖刺，趁尉迟恭转身时猛地刺过去。幸亏尉迟恭反应快，侧身躲过，尖刺只划破了他的衣袍。李世民在一旁看得真切，沉脸道：“三弟这是何苦？” 李元吉把槊一扔，笑道：“不过是玩笑罢了。”
武德五年的重阳节，李渊在曲江池设宴，命诸子赋菊花诗。李建成吟了首 “金英怒放傲寒霜”，李世民接了句 “暗香浮动满长安”，轮到李元吉时，他却掷了酒杯，说：“写诗不如射箭痛快。” 说着便拉弓射向池中的野鸭，一箭正中脖颈。众人喝彩声中，他突然转身将箭对准李世民，笑道：“二哥若能接我一箭，才算真本事。” 李渊忙喝止，他却收了弓，嘟囔道：“父皇就是偏心。” 宴席散后，太监们收拾碗筷时，发现李元吉坐过的案几底下，刻着个歪歪扭扭的 “死” 字，笔画深得快要穿透木头。
齐王府的后院有座密室，是李元吉让人偷偷挖的，里面藏着三样东西：一副用鲨鱼皮制成的甲胄，一把西域进贡的波斯弯刀，还有个紫檀木匣子。匣子里面装着些头发，有黑的，有白的，有粗的，有细的，每束头发下都压着张小纸条，记着人名和日期。其中一束乌黑的长发下，写着 “杨氏，武德四年三月”，那是前隋观王杨雄的孙女，去年被李元吉强纳为妾，后来不知为何疯了，被送进了感业寺。有个伺候的小厮偶然撞见李元吉在密室里对着那些头发说话，说的都是些 “你不该背叛我”“等着瞧” 之类的狠话，吓得那小厮连夜就逃出了齐王府。
武德六年，突厥犯边，李元吉请缨出征。出发前一夜，他独自去了趟长安城的西市，在一家胡商开的香料铺里买了瓶迷魂药。那胡商是他从并州带过来的旧人，低声问：“大王这次又要对付谁？” 李元吉冷笑一声，没说话，只是用手指蘸着茶水在柜台上写了个 “秦” 字。胡商心里一凛，知道他指的是秦王府的人。果然，大军行至豳州时，秦王府的护军统军程知节突然 “误食” 了有毒的羊肉，上吐下泻差点丢了性命。事后查来查去，只抓到个替罪的火头军，可谁都明白，这背后定是齐王的手笔。
那年冬天，李元吉班师回朝，李渊亲自到城外迎接。见他战袍上沾着血迹，李渊摸着他的背说：“吾儿辛苦了。” 李元吉却突然跪下来，磕了三个响头，说：“儿臣有一事不明，想请教父皇。” 李渊让他起来说，他却伏地不起：“二哥麾下的将领，为何总不听儿臣调遣？” 李渊沉默了许久，叹了口气说：“建成是太子，你是齐王，世民功劳大，你们兄弟三人，本该同心同德。” 李元吉抬起头时，眼里闪着异样的光：“若是有人想独占功劳呢？”
武德七年的端午节，长安城里龙舟竞渡，李元吉却带着几个心腹去了昆明池。他让人在池边搭了座凉亭，摆上酒肉，说是要赏景。席间，他频频向秦王府的将领敬酒，敬到尉迟恭时，尉迟恭推说自己不善饮酒，他却把酒碗往桌上一墩：“难道你怕我下毒？” 尉迟恭没办法，只好一饮而尽。没过多久，尉迟恭便觉得头晕目眩，栽倒在地。李元吉拍着手大笑，说：“我就说他不敢不喝。” 谁知尉迟恭命大，被随行的军医救了过来，只是从此落下了头痛的病根。李世民得知后，闯进齐王府质问，两人吵得面红耳赤，最后李元吉拔出刀来，说：“二哥要是看我不顺眼，就一刀杀了我！” 李世民气得浑身发抖，却终究没舍得动手。
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